圣杯战争，七位魔术师与自己召唤的英灵一起为了争夺万能愿望机所进行的战争。
那是某位少女一切痛苦的根源。
少女本来有着慈爱的父亲、温柔的母亲、还有着最喜欢的姐姐，即使她们的家族是魔术世家，最初建立圣杯的御三家之一，这也应该是一个幸福的家庭。
在少女年幼的时候，她是这么认为的。
但是美丽的梦境是短暂的，某一天少女被父亲过继给了另一个人才凋零的魔术师家族，然后少女的人生走向了完全不同的轨迹。
痛苦、恐惧变成了抚育她的温床。
老魔术师为了自己的野心肆意地改造着少女的身体，在种种非人的折磨下少女的心灵坏掉了。
自那之后少女封闭了心灵。
身体中爬满了虫子也好，被折磨虐待也好，遭受了侵犯凌辱也好。
一切的一切，少女一直在默默忍耐。
从年幼的女孩儿到亭亭玉立的少女，在所有人都不知道的情况下，少女度过着另一种人生。
少女只能默默忍耐，看着其他人幸福的笑脸，暗淡地躲在角落中。
即使与曾经的姐姐进入了同一所学校，也只是装作陌生人一般。光鲜亮丽的姐姐是如此污秽的自己完全无法触及的存在。
就这样少女度过着自己的人生，直到某一天看到了一个少年。
……
圣杯战争，不为普通人所知属于魔术师的战争。
那是某位少年改变人生的契机。
少年本来有着一个普通的家庭，不算富有也不算贫穷，正所谓是属于普通人的幸福。
在少年年幼的时候，他认为会一直这样下去。
但是幸福的生活是脆弱的，某一天一场大火吞噬了一切。
少年失去了家人，就在连自己的生命也将失去的时候，一个男人来到了他的面前。
在大火中救出了自己，然后将他收为养子。
之后少年再次拥有了普通的人生，可靠的朋友，关注的女孩子，可爱的学妹，而一直有一个冲动隐藏在少年的心里。
少年一直憧憬着那个男人，因此在对方死后继承了男人的理想——成为正义的伙伴。如同孩童般不切实际的梦想，但少年坚决地继承了下去。
从男人那里少年接触到了魔术，之后少年磨练着自己一心地想要成为正义的伙伴。
然后就在大火十年之后的某一天，少年被卷入了圣杯战争。
……
少女不明白为什么那个少年会卷入圣杯战争。
自己是代表御三家之一的Master，自己的姐姐同样是御三家之一的Master，对于这个将会与姐姐相互厮杀的结果少女心里已经有所准备，但是只有那个少年——她的前辈被卷入这场无端的杀戮中她无法接受。
与此同时，少女也在为此感到恐惧。
污秽的自己将要一点一点暴露在前辈面前，即使她从来没有想过自己有靠近他的资格，少女也在为此感到痛苦。
但是从未想过的事情却发生了，少年接受了这样的自己，并且说出想要与自己在一起。
这对于少女来说便是最大也是唯一的幸福。
……
在卷入圣杯战争后少年人生的轨迹再次出现了变化，从未接触的事物接踵而至，同时还伴随着各种真相。
十年前毁灭他一切的大火正是因为上一次圣杯战争，在意识到圣杯战争是一场多么不合理又残酷的杀戮后，少年踏上了战场，为了心中一直怀抱的理想——成为正义的伙伴。
少年想要结束圣杯战争。
在不断的战斗中少年接触到了一直不曾知晓的秘密，一直以来温柔乖巧总是来自己家帮忙的学妹也是Master之一，同时身体一直在接受各种非人的改造，遭受着痛苦的折磨和侵犯。
所以少年愈发地冲向战场，为了正义的梦想，也为了让少女解脱。
但是——
……
少女是无法得救的。
为了实现可怕的野心少女的身体被彻底的改造，成为了承载圣杯之器，从小圣杯中夺走力量的黑圣杯。
只要少女还活着，圣杯中的此世全部之恶（影子）就会诞生。
在不知不觉间少女已经成了吞噬众多人类作为养料的杀人者。
……
少年面临着选择。
是选择正义，将少女杀死来拯救更多无辜的人。还是选择少女，为了救出少女不去管那些无辜的牺牲者。
是选择自己的理想，还是最爱的人。
最终少年做出了选择，而那或许就是更加痛苦的悲剧的开端。
……
少女等到了少年的选择。
在面对少年坚决的杀意时少女本来以为自己会平静的接受的，但是是因为少年曾经给她的幸福吗？还是软弱的自己没有面对死亡的勇气呢？还是说潜藏在心底中对于这个让自己不幸的世界的怨恨呢？
总而言之，死亡并没有让少女的人生因此结束。
当少女再次回到那片熟悉的土地时，一切都发生了改变。
将抛下她独自一人获得幸福的姐姐变成自己的人偶，将没有选择她的前辈变成自己的奴隶，然后将一切破坏、毁灭、抹消，将一切曾经的痛苦都向世界发泄出来。
一次次重复这就成了少女之后的人生。
……
“我和卫宫同学想要杀死樱阻止此世全部之恶的诞生，但是并没有成功。”
远坂凛就像是在说着其她人的事情一般平静地诉说着。
“之后能够在不同世界穿梭的樱就将我和卫宫同学变成了傀儡带在身边，一次一次破坏不同的世界。”
“……”
沉默笼罩在车子内，即使是卡莲也不知道应该说些什么。
“这就是我的那个世界的圣杯战争的结局。”
“那个，远坂小姐……”
伊莉雅发出踌躇的声音。
“你要做的事……”
“那还用说吗？”
远坂凛用收敛了一切感情的视线回望着伊莉雅。
“杀死樱。这是我、我们的选择。”
虽然已经想到，但是这个冰冷的回答还是令伊莉雅感觉到一阵寒意。
“快到了。”
这时卡莲的声音打断了她们的对话，只见窗外可以看到远处有一棵巨大的树正耸立在那里。
而就在这时与巨树相隔一段距离的地方出现了地震一般的剧烈震动。