众人在巡视的时候，朱由榔见余龙神色间有些不对，一副要开口又不敢开口的样子，他不由得问道：“余爱卿不必顾虑，有何想法尽可与朕到来，朕洗耳恭听。”
余龙见皇帝这么说，也就不再扭捏，他是个老水手了，水战经验丰富，刚才他跟着皇帝仔细观察完地形后，发现皇帝命令将船队停在横石矶似乎是个错误的决策，当然他也有失察的责任。
双方交战退兵后，皇帝选了横石矶作为临时的驻扎地，当时他粗粗一看横石矶地形也还不错，方便战船停泊，也没多想就附和了皇帝的决定。
现在再次观察一遍后，凭借丰富的水战经验他发现横石矶这个地形对己方似乎并不是那么有利，横石矶处于北江的下风向，按照北江的潮汐规律横石矶地带到半夜时可能会涨潮，也就是说，如果清军船队中也有水战专家，看透这一点后，借着顺风与涨潮的优势，利用天时地利，趁机在夜半时分发起偷袭，这样清军的船队很有可能会一举击败己方水师，严重点甚至有可能导致己方水师全军覆没。
当余龙向朱由榔禀报完这个情况后，朱由榔也立即意识到了问题的严重性，更意识到他不经意间似乎插手军务过度了，犯了外行指导内行的毛病。作为皇帝，他没必要事必躬亲，只要给出大方向，在战略上进行适当的调度即可。论水战经验，他远远不如余龙这种积年老水盗，插手军务过度很可能会导致错失，甚至贻误战机的可能，这一次要不是余龙及时反映情况，可能就铸下难以挽回的大错了。
所以在战术上，他决定尽量少插手，全权交给麾下的各级统制官负责，给他们充分锻炼的机会，不再从旁掣肘。
回营后，朱由榔授令余龙全权调度，余龙也不拖泥带水，躬身领命，飞速地对船队重新进行调整部署，一道道军令如流水般从中军帅帐内向外发了下去。
军令：副统制高利勋带二十几艘快船往来游弋巡逻，加强戒备；令：营统领唐尧带十几艘战船停驻于前湾警戒，并一再告诫唐尧，一旦发现敌军偷袭，应立即放起连珠火箭，向横石矶港湾内的主力船队发起警报。
一番敲锣打鼓的紧张布置后，暂时将船队防御的漏洞补好了，其他的人也不能放松警惕。接着余龙命令所有船只均不得拉下船帆，船上的火炮与弹药均要处于战备状态，军士不得卸下身上的铠甲，一旦清军来犯，务必予其迎头痛击！
几乎就在同时，清军一方，施琅已经发现了这个致命的漏洞。他果断决定对明军水寨进行偷袭。
二更时分，按照既定计策施琅率领主力船队，趁着涨潮顺风的有利时机扬帆起航，直抵横石矶，准备在明军毫无防备的情况下火烧明军船队。
并派了手下得力干将洪习山做前锋，冲在最前头带头纵火。然而当施琅的主力船队行至横石矶港湾的入口处时，负责侦察江域情况的清兵慌忙来报，前方发现了一艘船，极有可能是明军的巡逻船。
洪习山大惊：“伪朝的船只都停泊于横石矶，这里怎么会有船呢？”猜疑归猜疑，该防备的还是要防备的，他下令各船严密提防，听自己的炮声，发动进攻。
清军发现的那艘船正是副统制高利勋派出的巡逻兵船，巡逻兵船的水师营兵此时也发现了在港口鬼鬼祟祟的清军船只，于是赶紧向主将高利勋禀报，高利勋迅速传令部下：“马上扬帆，安炮守候，听本将口令，一面攻打，一面放连珠炮传讯中军。”
就在高利勋部放哨船向中军发出信号后不久，千余清军水师就在前锋主将洪习山的带领下向着港内冲杀了过来，见到清军果然前来夜袭，高利勋一点不慌张，也不废话，随即命令手下向逐渐逼近港湾的清军船只开炮，五艘安装着红夷炮和佛朗机的长舟，快蟹排成一排拦在港湾外，同时继续使用连珠火炮发出信号，通知在附近的唐尧的船队，以及停泊在港湾中的中军船队前来会合，共同作战。
由于余龙事先做好了相当充足的准备，所以这次明军反击的速度相当快，快到了余龙已经率中军主力船队赶到了战场，施琅和前锋洪习山才反应过来，虽然清军占据了顺风的优势位置，但是由于夜太黑再加上明军又有所防备，所以所谓的优势也基本等于是没有优势，明军与清军两拨船队就在这种摸黑的情况下开始了厮杀，在伸手不见五指的江面上，彼此混战着。
原本平静的江面此时炮声轰鸣，橘红色的火焰明灭可见，在明军充分的准备下，清军原本有计划的夜袭顿时成了一场大混战，误伤的情况时有发生，一场混战直打到了天明，直到双方的军士都筋疲力尽，才稍做停歇。
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