2015年6月，就是真嗣预言的使徒来袭的时间，主线剧情终于开始了。
这段时间，真嗣埋头铲屎升级小Q，成果喜人。但还是有些不如意的地方，让真嗣大为头痛。由于自然语言处理用到了人格生成系统，小Q不可避免的被众多网友带歪了，变得又贱又污，嘲讽功力十足。
这显然脱离设计初衷，真嗣只能怪网友素质太低，一个不留神就被带歪了，毕竟大部分骂人不带脏难以屏蔽。
鉴于人格生成系统具有本性难移的特点，要更改的话得重头再来训练一遍，得不偿失，再说也没那个时间搞了。真嗣只搞了中、英、日三种语言的自然语言识别系统，考虑到保密因素，平时只用中文，听不懂的语言对别人而言只是噪音而已。
这样也有好处，大脑解析母语才是反应最快的，国产战机、航天系统的操作按键、仪表用的都是中文标识，紧急情况快个几十毫秒，也许能避免重大危机。
期间真嗣不是搞机就是锻炼，过得紧张而充实。小命受威胁的情况下，没什么心思勾搭绫波了，而且绫波三天两头请假，不是做EVA相关测试就是定期维护身体。
而美里自跟真嗣里人格熟悉后又恢复到邋遢慵懒的样子，随着预言时间的到来，她也不淡定了，连啤酒消耗量都增加了20%，只能让手下的人提高警惕，做好准备工作，并制订了多套预案。
真嗣除了定期体检，没机会去NERV。也接触不到EVA，看来老碇真计划在火烧屁股的时候才让他强行上马开EVA打怪兽，让SEELE对他们父子把持初号机这件事无话可说。因为这样就是形势所迫不得不用，谁叫你们找不到新的适格者。
真嗣心里早就将老碇骂了个千万遍，没法提前上机就没法收集数据，难道真的要靠妈妈暴走救命？依靠不能掌握在自己手中底牌，实在没有安全感，这可不是他的风格。妈妈要是不灵了那结局就要跟以前的噩梦一样惨……
通过持续不断的情报监控，真嗣获得知零号机被安排在今天进行连动实验。原来的剧情，绫波丽就是在这次试验中受重伤。在美里的帮助下，真嗣获准可以旁观这次实验。
于是他一大早就在绫波丽的必经之路等她。
不一会儿，就看到路口女神踽踽独行，无声走来。
“绫波！”
绫波丽用停下来。
“今天你的实验比较危险，一定要小心。”
好一会儿，真嗣才听到一个清冷的声音，“我知道了。”
绫波丽要离开时，里人格真嗣想到原剧情里，老碇让重伤的绫波丽出场刺激真嗣，对冬月说了一句“又不是死了”，分明不管她的死活。
之前却在绫波丽受伤时装模作样地演戏，跑上去徒手打开插入栓，烫伤了手并获得女神好感+100%，真实目的却是为了利用烫伤带上手套，为以后的右手植入亚当胚胎做准备，真是老奸巨猾啊。
真嗣不能忍啊，就嘴欠对绫波丽说：“绫波，我父亲只把你当做工具，不必牺牲自己！”
真嗣收到了女神的警告目光，真嗣豁出去了，“包括我也是他野心的牺牲品。”说完不等绫波丽反应真嗣就跑了。
能做的已经做了，之前已通过美里的影响，指出了实验安全隐患，改进了插入栓的缓冲系统以减少伤害。
这是真嗣第一次见EVA，在窗口看着巨大的独眼的零号机，黄白涂装，人还没有它的拳头高，非常具有视觉震慑力。
“开始启动。”
“连接主电源到所有回路。”
一开始屏幕的监测数据还正常，接着副操作员伊吹玛雅的声音开始急促起来。
“启动系统发生异状，第三谐波也发生问题！”
“中枢神经素子内部开始拒绝信号。”
“主传导系统受干扰，流动中……”
零号机身体突然开始抖动抽搐起来。
“神经脉冲逆流！”
“无法抑制！”
“直接相连监视器断线。”
屏幕上的状态数据一片飘红，全是警告信息，真嗣心中一紧。
“插入栓系统不稳定，逐渐深入EVA那边！”
律子发出指令：“马上停止接触，紧急封锁到6号为止的回路！”
伊吹：“不行，信号无法传达！”
零号机挣扎力度加大，开始咆哮起来，一声爆响，固定架已被拉出墙壁。
“零号机失控！”
真嗣已经下楼准备接应了。
老碇当机立断：“切断电源，停止实验。”
插头掉下后，零号机开始砸墙破坏起来，并不断抱头嘶吼着。
“距离完全停止还有35秒。”
“自动停机系统没有反应。”
“自动弹射系统启动！”
接着插入栓在火箭火焰的推动下朝上直飞，一头撞到天花板上，并不断被推着撞击房间四壁。
“特殊酚醛树脂，快！”
红色的树脂液体从墙壁喷下并迅速凝固，固定住失控的零号机。
“嘭！”巨大的插入栓从天花板掉下来，直径超过一人高的金属筒，应该有好几吨重。
“丽！”老碇像火烧屁股般跑到实验室入口，见真嗣还在撅着屁股拉门，可能里面被酚醛树脂堵住了，他已经用吃奶的力气推了一会儿。
没想到老碇停都不停，飞起一脚把真嗣踹飞，再用身体把门撞开。
“卧槽，老碇这样截胡要脸不！”
真嗣气得吐血，连忙提着水桶跑进房间，老碇已经把舱门打开了，空气中散发着一股烤肉的香味。
那是因为插入栓与墙壁剧烈摩擦产生了高温。
绫波丽很快被医务人员抱出来准备送医了，幸运的是她意识还清醒着，看来伤得没原来那样重，路过真嗣这边还瞥了他一眼。不过这次老碇的眼镜没掉地上被绫波丽收藏，这也是一件好事吧。
真嗣无语了，利用这个关键的印刻效应刷绫波丽好感，彻底泡汤了。有这样跟儿子抢女人的父亲么？！“唉，以后少点套路，多点真诚吧。”
真嗣戴上眼镜，“葛城，跟我吃午饭吧。”
美里眼神一挑，知道是里人格的真嗣出来了，立马跟上去。
“我有预感，吃完饭使徒就来了。”
美里满脸凝重，“你确定？”
“嗯，我说过了，对我越有生命威胁的事物感知越强烈。”真嗣解释道。
“不要急，一开始肯定是军方出面抵抗，实在不行再把指挥权移交给NERV，应该还有午睡的时间。”真嗣故作镇定，此时NERV的重要性还没体现出来，作为联合国直属机构却是小透明，话语权不足。