这一天，徐光启来报，从澳门来的传教士团已经接近京师，特来请示皇帝。朱由校下旨，由徐光启全权负责，自己会选择适当时间来接见他们。徐光启是礼部右侍郎，而且他本来就信教，由他出面是最好的。
十一月初九，传教士团来到京师，徐光启让他们先住在会同馆，这对传教士来说简直是不可思议，以前他们为了争取传教的权力都困难重重，好不容易可以传教后又来了一个南京教案，使得大量传教士被驱逐。现在竟然是在会同馆，那是相当于朝贡的待遇了，他们很惶恐，金尼阁询问徐光启这样是不是合适，徐光启安慰他，这是皇上吩咐的，没有问题的，先住在这里，等待皇上召见就行了。
传教士们沉浸在无边的幸福之中，他们将带来的七千多部书列出目录，请徐光启代为转交给皇上，并请求组织人手对这些书进行翻译。
朱由校简单地翻看了一下目录，里面有哲学著作如《安哲罗全集》，还有科学名著，例如哥白尼的《天体运行论》和开普勒的《哥白尼天文学概要》，还有介绍机械的如《远西奇器图说》……数学、天文、物理、地质、生物、医学、军事无所不包。
“先生，现在译泰西书籍，是如何译法？”
“陛下，以臣译《几何原本》时为例，由利玛窦口传，臣以笔受焉；反复辗转，求合本书之意，以中夏之文，重复订正，凡三译稿。”
“此方法不好，太慢太麻烦，这样吧，礼部下设一局，名翻译局，先生上次推荐的杨廷筠，现在何处呀？”
“杨廷筠现赋闲在家。”
“他以前所任何职？几品？”
“曾任监察御史。正七品。”
“那好，传旨，着杨廷筠为礼部主事，主管翻译局。从全国召集对泰西文字有兴趣的举子秀才，进入翻译局学习泰西文字，先用原来的方法，给朕把里面有关机械和军器的书译出来，其它的书，要传教士先编写翻译局学生用的书，等翻译局学生学成以后再译。”
“上次说的精于远望之镜和大炮铸造使用的人，交给兵仗局里由孙郎中负责，要他们先造出实物，然后朕再接见他们。”
徐光启传达了皇帝的意思，传教士们都很兴奋。虽然皇帝一句也没有提传教的事，但只要皇帝对西方科学感兴趣，也就会对西方宗教的传播持肯定态度。金尼阁觉得简直是迎来了传教的黄金岁月，比起上次自己在大明的遭遇，现在不要太幸福哟。
他立刻组织对汉语已经掌握较熟练的教士开始翻译皇帝指定的书籍，并督促还没有熟练掌握汉语的教士加紧学习。自己则开始编写翻译局所要的西方语言教材，起个什么名字好呢？他和徐光启及其他传教士进行商议，最后决定就叫《西儒耳目资》，这样让大明人也知道，西方也有象大明儒生一样的人，西方不是野蛮国家，让大明人更了解西方，接受西方，包括西方宗教。
他带来的两个传教士也到兵仗局开始造远望之镜和铸炮。十几天后，远望之镜造成，火炮也铸成，徐光启向皇帝报告后，朱由校决定接见他们。
金尼阁带着汤若望和邓玉函随徐光启进入皇宫，看着那一座座高大华丽的宫殿，三人为之心旷神怡，有如此伟大建筑的国家，也许很快就可以成为神的蒙恩之地，多少人为了达到这个目的抛弃了家人，远离自己的国家，来到这遥远的异域，只为了传播神的荣光，今天，伟大的皇帝同意接见他们，使他们离这个目标又近了一步。
传教士很明白入乡随俗的道理，从利玛窦开始，他们已经习惯了向中国皇帝行三拜九叩之礼。当行礼完毕后，朱由校吩咐赐座。
首先问了三位传教士的姓名，想了一下，好象三个名字都没有听说过。不过自己不知道并不代表他们就不出名，因为这个他确实不了解。
“诸位从遥远的西方来到我大明传教，朕想知道你们西方和我们大明有些什么不同的地方，重点是我们大明有哪些地方不如西方的，请不要有顾忌，有什么说什么。”终于可以不用装做文绉绉地说话了，朱由校觉得这样很爽。
“陛下，贵国比我们欧洲各国都要富裕得多，大明的人们住在整齐清洁的木制房子里，我们则住在用石头和砖做成的脏乱的房子里，大明有宽宽的结实的大道，大家行走有序，我们一般的道路都是狭窄或者是乱泥路，大明的人们衣裳美丽，种类齐全，而我们衣服单调，大多数人根本没有充足的衣服。我们遇到的大明的人，大都温和守礼，街道上从来没有乞丐，而我们的城市里有很多的小偷，乞丐，城外还会有盗贼，我们觉得，生活在大明真是一件幸福的事。”
“呵呵，看来你们也学会了说奉承话了，朕想知道我们有什么不如你们的，不是让你们夸奖大明的。”
“陛下，我们说的全是真的，除了主的荣光没有笼罩在这片土地上以外，我们觉得大明已经非常不错了。”金尼阁赶紧声明道。不过他说的确实是真心话，十七世纪初的欧洲确实不怎么样，巴黎的街道上都倒满了粪便，普通人的生活一般都很困苦。
“其实朕知道，我们有一个方面是不如你们的。你们喜欢奇巧机关之术，注重用机械之力代替人力，重视对天地之理的探索，而我们的官员们认为只要朕勤修德政，就会使人心安定，这个国家就会变好了，却不想让百姓学习如何省力，如何提高效率的方法。你们使用机械的方法，他们斥之为奇技淫巧。”
“至于你所说的神的荣光的问题，其实并不是因为我们的原因使你们传教困难，而是因为你们的原因，这点你们应该明白。”