阅兵和献俘两项大典结束之后，朱皇帝随即与内阁两位大学士、兵部尚书熊廷弼、户部尚书汪应蛟、吏部尚书周嘉谟和平东伯沈有容召开了一个闭门会议。
“朕今日与众爱卿所议者，军制。朕先前便讲过，要全面废除卫所，将军户编为民籍。以募兵为主，全军都将逐步换装火器。”
汪应蛟闻言心中一紧，立刻说道：“陛下，全仰仗募兵，恐怕有前宋冗兵之忧。”
“如今九边兵额近七十万，却是守御都难，何尝不冗？京营原额九万，现羽林军兵额不过六万，开销虽稍多，然此六万，足以抵先前的十八万。京师地方，其实有3万兵，便足以。羽林军将分兵驻防昌平与密云，将昌平与密云之兵尽数裁撤，该处粮饷便可全省却。”
李起元闻言后皱眉道：“陛下，昌平镇干系皇陵安危，密云更是京师北门，只三万兵驻防昌平与密云，怕是稍显不足。”
朱皇帝不以为然地说道：“昌平与密云，兵额五万五千有余，实数尚且不足三万，兵丁如今不过是十日一操，驻守其实全靠实数不足三千的家丁。以实数三万的羽林军驻守，如何不足了？”
汪应蛟一听，立刻就是喜上眉梢，这一下五万兵额，就又有一笔巨大的开支被砍掉，按照这么个裁军法，大蓟镇加真保、津门，一口气怕是要裁掉一半的兵额。
朱皇帝当然也是这么打算的，很快把对北直隶除开宣府外地区军队的整肃计划全盘拖出。
几人一听，也没有太大的反应，在实力完全足够，皇帝下定了决心的情况下，整肃军队，他们当然是赞同的。
蓟辽总督吴用先就已经在回京师的路上，几人都算是松了口气，皇帝总算是没一点情面都不讲，就把这么一位封疆大吏也干掉。
亲东林党的吴用先和孙承宗私交还不错，皇帝真要把这人干掉，孙承宗面子上就会很不好看。
没把吴用先干掉，也不全是照顾孙承宗的面子。
这位蓟辽总督是知县起家，一路升上来的，操守还是高于平均水平。在蓟辽总督任上，贪腐并不严重，也一直在想尽办法狠抓训练，没有什么大效果，也只是因为整个蓟镇等处，都烂完了，他手里又没兵，更不是皇帝，没办法下狠手整治。
最重要的是，这位够识时务，没有辞官逼宫，更没有在背后搞小动作。
把蓟镇的问题揭过后，朱皇帝很快说道：“既要废除卫所，五军都督府自然也没有继续维持的必要。朕欲废五军都督府，重设大都督府。”
能坐在这儿都清楚，祖制这玩意就是争权夺利时扯出来的虎皮，在这位面前，也没人会再拿祖制说事。他们都清楚，这位皇帝是分权制衡的高手，自然不会弄出一个权力过于巨大的大都督府出来，也都没有急冲冲地站出来反对，而是安静地等待皇帝的下文。
“大都督府，未来将设三个大部，一为总参谋部，二为总监军部，三为装备发展部，三个独立的法司。大都督为荣职，不理府事。恩，实际上由朕亲领大都督府事。”
接下来朱皇帝就开始介绍大都督府下设部门的职能。
皇帝对总参谋部的职能介绍，倒是没有引起多少反对，这个部门，目前来说，权力其实不大。
这个机关也是对文官运筹帷幄权力的剥夺，不过皇帝要抬高武夫地位的意图已经是十分明显，他们也不敢反对。再说，这个机关，也只是一个制定计划的，最终拍板的权力还是在兵部手里。
而皇帝刚把总监军部这个玩意的职能介绍完，就把众人吓了一大跳。
这个部门，权力实在太大了，直接就剥夺了兵部职方司大部分以及文选司部分权力，其下派的武将监军，也必然会侵夺主将的权力。
熊廷弼倒是没说话，他这个兵部根本不敢反对这位恐怖的皇帝。
其他几位文官，此时也是眼观鼻鼻观心，在一旁沉默不语。
沈有容倒是第一个站出来，提出了反对的意见，他说道：“陛下，分薄主将之权，怕是不利于作战。”
汪应蛟想了想，只说了两个字，“冗员。”
“两位爱卿不必忧心，此事朕自有计较。”
接下来，他又开始介绍其他的几个部门。
在皇帝介绍了武器发展史后，这几个大臣，也对武器对军事的重要性并不怀疑，对发展武器要靠军队在实战中总结经验，也是大体赞同，不过却是不能理解皇帝为什么给这个部门这么高的品级。
“如今武官多横行不法，视军法为无物。朕计划，要在中枢与各大军镇中设立军法司、军事检察司和中枢及各镇保卫司，以及下属分司，武官士兵触犯军法刑律，军中三法司则专职调查、起诉和审判。”
接下来，他就详细地解释了三个部门的具体职能。
几位文官早就明白，把武夫彻底踩下去的日子已经结束，也不敢在这事上和皇帝唱反调。再说，军中三法司的权柄，也只是被限定在军队之中。
李起元闻言后说道：“陛下将军中司法之权分割，事权虽不统一，不过却是少了许多冤假错案。如此分权，在中枢与地方，若是财力充沛之地，其实可一试。”
汪应蛟闻言后不由怒道：“增加这般多的官员，元辅可是以为户部的银子都是大风刮来的？”
李起元闻言马上不说话了，他当然清楚，增加那么多官，当然是不可能的，他也就是随口说说。
接下来，朱皇帝还宣布，未来要设立接受大都督府和兵部双重领导的陆军总部，陆军总部要负责训练和日常的统兵，还有与总监军部共同分享武将军功和品级评定等重要的考绩和人事权力。
对于具体的指挥权，朱皇帝提的不多，不过意思也很明显坚决，不再允许文官直接插手指挥，指挥权力收归军事主官，武职监军干涉主官指挥，必须事后上报，由多部门联合审查，若出现严重错误，监军要接受军法惩罚。
大明早就是战区制，朱皇帝会根据情况，对战区进行进一步合理划分，给予战区军事长官挂印总兵官更大的战时指挥权。
讨论到这里，朱皇帝把兵部的权力大大砍了一刀，当然也会给予补偿。
很快，他就说出了对兵部的改革计划。
兵部职方司，很快会被直接被废除，武人的军功评定，将会分别归属大都督府中的总监军部和独立的军种总部，军人涉军刑事犯罪行为由军事司法机关负责。
文选清吏司，自然是要保留的，兵部依旧保有对中下层武官的人事权力，不过只是有限制的职位调动权，也就是负责将领在军种系统内轮换，这个权力，目前还掌握在皇帝手里，文官们也是看不到的。
理所当然的，不用多说，高级武将的人事任免权力，直接掌握在皇帝手里，兵部只有建议权。
把这些改制计划都公布后，朱皇帝很快说出了对兵部的加强计划。
“营兵后勤补给目前没有统一的领导，主军有管粮郎中负责，客军虽由兵备、守巡道等员负责，实际却时常不能顾及，朕深为忧虑，因而想在兵部新设一后勤司，统一管理全队作战后勤。日后将相机于京外各要害处，设立后勤司仓库，负责接收、存储和分发粮草、弹药和武器等一切军需后勤物资。”
在座的都清楚客军补给困难这个大问题，对此自然是赞同的，作为兵部尚书的熊廷弼更是清楚，这是进一步加码了兵部的权力，这个后勤司，比起职方司，权力一点都不小。
于是熊廷弼的脸上立刻就浮现出了笑意，这一下，兵部对是否发动战争的话语权，就又大了不少。
也只有汪应蛟有些不满，管粮郎中属于户部外派人员，他的权力又被砍了一刀。
这一系列的改制，朱皇帝自然是经过深思熟虑的。
军事司法有其专业性，设立专业的军事司法机构，加强军事司法建设当然是必须的。军官战功和基层军官评级，这也是专业性很强的内容，由文官负责是极为不负责任的。
总的来说，他还是维持了文官政府控制军队后勤以及人事权力的现状大体不变，现代国家大部分都是这样运作，文官政府控制军队，这个大前提本身没有什么问题。宋明完全是搞得走火入魔，让文官直接兼职统帅，才出了大问题。
这一系列的制度建设，并不是一道圣旨下去就可以完成的，他自然还得做很多的功夫，还要花很多的时间才能在人才储备几乎没有的大明把这些都落实。
朱皇帝也很清楚，大明的军事建设，也不是搞出一套严密的制度，就万事大吉的。制度从来不是万能的，后世被某些人吹上天的灯塔国，其国防部里头天价的手纸，论亿算的去向不明的资金，都一样没人敢真查。
大明现在是腐朽透顶，制度看起来烂极了，但在国朝初，这套制度不一样很好地击退了蒙古。
在他看来，一个基本上在进步的大环境才是最重要的，制度是人定的，它总是有漏洞的，大环境出了问题，制度再好，也一样没有什么用处。
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