战争并没有直接随着安赞王的死亡而结束，但局面已经大定，率先向联军投诚的是真腊国内的佛寺，真腊原本就是一个佛教国家，佛寺在国内具有相当的能量，他们不是中国境内那些老实巴交的寺院，真腊的佛教更类似于西方的天主教，虽然侵略性没有那么大，但却拥有法律和税收上的特权，即便是真腊经过了几十年的天方教统治，各部寺院也控制着四分之一的人口作为农奴。
刚刚继任真腊国王的索亲王对于佛寺的投诚并不感冒，长久以来，真腊国内部的资源就是被这些家伙侵占，所以这几十年备受暹罗和广南欺负，但李为经代表的合众国一方却很喜欢这些真腊佛宗，除了某位寺院的院主给李为经带来了包括穆里玛在内的所有满清使者，还在于寺院代表的佛教还可以协助清理安赞王带给这块土地的天方教势力。
很快，原本真腊各地要来勤王的实权领主在乌东城不远的地方就接到了安赞王已死，索亲王继位的消息，这些人稍作联合，派遣使者前来乌东，请求投诚，他们愿意拥立新王，但希望新王接纳并且保护他们的利益，真腊新王只是一个傀儡，他的态度不算什么，李为经向这些人提出的条件，首先就要脱离天方教，该宗佛教，或者索性丢掉信仰，给这场改朝换代的战争增添了一些宗教色彩，其次就是向新王进贡，土地与金银直接和领主的实力挂钩。
半个月的时间，足够领主们了解联军的实力，第一个跳出来反对的是天方教领主，这些领主可不是与安赞王一起该信的，而是当初支持安赞王进行政变的军事贵族，许多来自南洋群岛，其中不少直接就是已经被灭掉的马来半岛上的苏丹国，这些天方教贵族就在洞里萨湖周边的富庶地区，而在东面相对贫瘠地区的，则是来自占城的天方教贵族，也是当年支持安赞王政变的势力。
这些贵族率先遭受了打击，九龙师和暹罗军各自派遣精锐参战，而已经投诚的真腊佛寺也组织了大批佛兵加入阵列，特别是这些佛兵，丝毫没有什么慈悲为怀，对异教徒直接使用屠杀的手段，还是在联军的限制上，减少屠杀，把所有不肯改信的教徒变成了奴隶，顺流而下运到了九龙城。
这种平叛注定不会短时间结束，但一个月的功夫，联军横扫了九个抵抗的城市，将一切抵抗力量击溃和消灭，让各地的实权领主纷纷投诚、该宗、献金，并且把长子送到了金边做人质，真腊新王在乌东登基，但却把国都彻底定在了金边城，在这里接受了各地领主的忠诚，然后派遣他们去各地平叛。
一系列战争下来，这个国家至少五十万的人被杀死或者变为奴隶，而且这些人中，大部分是忠于安赞王的贵族和天方教徒，他们所拥有的资源足够喂饱新朝的贵族和新王的‘朋友’，局势初定之后，便是联军交割利益的时候了。
首先，参战的三方在真腊都有通商置业的权限，并且拥有法外特权，真腊国境内的湄公河属于自由航道，为各方共同使用，航行的外籍船只只要不上岸，就不得收费，而这些特权属于暹罗、广南和九龙公司。
其次，便是各方想要的领土了，广南出兵最少，仅仅把西贡河以东以北的区域划分出去，暹罗对真腊的领土要求较多，但此次抢掠的钱财也最多，商讨之后，得到了三个府，但都是边境府，而金边下游的地区，则都属于九龙公司的开发范围，使得九龙公司事实上占据了整个湄公河三角洲。
真腊失去了很多，但对于此时真腊最重要也是最核心的洞里萨湖却保持了完整，而在政治上，真腊国直接成为了合众国的藩属和九龙公司的战略盟友，这意味着，从此以后周边几个国家没有胆量再行侵略了。
真腊新王接受了所有的条款，签订了国书，但事情并不总是这么完美，暹罗在退兵的时候一路烧杀不管敌友，抢掠了一路回去了，而广南更是出了一个大难题，广南实际上向要前江以东的所有土地，但却不得，因此在其他方面为难，其只是把境内的安唐亲王送到了金边城，却以安唐亲王两位儿子在广南求学和任职唯有拒绝送归。
显然，广南人还不想失去对于真腊国内部局势的影响力，留下那两个拥有王室血脉的年轻人作为后手，李为经对此很不满，几次交涉未果，也只得作罢，毕竟广南是盟友，又是在这个关键时候，还是得罪不得的。
当然，这并不意味着就此放过了，真腊新王的华人王妃很快为其生下了一个健康的儿子，元子诞生之后，直接被立为王储，而新王的小女儿则是嫁给了九龙公司大股东黄蜚的孙子黄云生，而这个年轻人因为不是嫡子，不能继承家族在九龙公司的股份，索性加入真腊国籍，被封为亲王，掌管着由九龙公司派人训练的一支近卫军。
而当索亲王濒死，王储年幼，可能会出现继位危机的时候，在广南境内的两个王室后裔却相继出事，并未影响下一代国王的继承，一直到真腊国走到尽头。
合众国在真腊的军事行动持续到永历十四年的春天，但精锐的华城旅在当年就脱离了战斗序列，真腊的行动全盘由九龙公司操持，战争和接下来的大清算，让真腊国许多既定利益出现了空缺，土地为寺院、投诚领主、官员和将军分配，粮食与财货被真腊朝廷与九龙公司均分，而九龙公司在这场军事行动中一共获得了四十万人口，其中超过十五万是丁壮，这些奴隶则参与了九龙地区的开发与垦殖。
九龙公司为真腊新朝设计和构建了新的行政体系，代为执掌海关、税务等衙门，培养训练新军，但九龙公司最上心的还是战后重建工作，利用军事压迫等手段，迫使真腊的佛寺和权贵进行改革，首先就是废奴，特别是农奴，为真腊的构筑新的土地制度，虽然依旧承认了土地为这些权贵所有，但制定了新的税率，解除了农奴与主人的人身依附，土地收获在赋税与佃租之后完全归于农民所私有，这一政策调动了真腊国民的生产积极性，而九龙公司可不是什么人权卫士，也没有什么好心，他们这么做的目的只有一个，粮食！
九龙地区的大规模开发虽然功在当代利在千秋，但短时间内，合众国对粮食的需求量是巨大的，解放了真腊的生产力，可以加大九龙公司粮食的出口，要知道，在经济上，合众国实行中国特惠制。
以粮食为例子，合众国的海外领地和殖民地，要优先购买合众国海外领地和殖民地出产的粮食，对其他国家的粮食加高税，领土优先，殖民地次之，友好国家为后。
真腊是九龙公司的特许垄断区，从这里出口的粮食运到大本营是享受低税率的，而暹罗、广南购买之后卖到合众国是高税率，而因为垄断，合众国商人不能从真腊购买粮食，他们只能从广南、暹罗这些二道贩子手里购买，因为税率和规模，是不可能和九龙公司产生竞争的。
事实上，九龙公司完成对元老院的粮食承诺，很大一部分在于在真腊进行的改革，经过了这次战争，真腊仍旧拥有二百万人口，且拥有开发历史悠久，水利设施完善的洞里萨湖地区，在改革第一年，也就是永历十四年，真腊粮食产量恢复到巅峰，随着改革的推进，牲畜存有量的提升，真腊粮食产量迅速提升，三年后，每年就能为九龙公司提供两千万石的粮食。
真腊的粮食产量在提升，九龙地区也在进行大规模的改造，从真腊掠来的四十万奴隶参与了各类大型的工程，运河、河堤、海堤，从真腊战争中解放出来的九龙师和民兵成为了镇压奴隶暴乱的主力，这些承担着最繁重体力劳动的奴隶经过了大规模役使之后，在三年内就完成了九龙公司规划的开发计划，用生命和鲜血开垦出了肥沃的农田，为合众国提供了一片沃土，也为民族解放奠定了胜利的基础。
真腊一战，九龙公司获得了四十万奴隶，从真腊也抢来了超过一千万石的粮食，这些粮食很快就被战略储备仓库吃下，凭借四十万奴隶和大量粮食，九龙公司在国内的风头一时无两，继而在主要的领地内进行大规模的融资活动，而融资的目的是开发土地，没有比这更一本万利的买卖了，融资进行的很顺利。
九龙公司并没有向市场大规模提供粮食，缴获的粮食多以充当军费或者购买的方式被战略储备仓库买走，即便如此，台北、香港、福州、广州四个风向标城市的粮食价格迅速降低到了爪哇内乱之前的水准，而九龙公司在粮食供给方面的强横实力，也让人们对于接下来要进行的大规模战争有了信心，至少像之前那样，一大战物资价格就飞涨的情况不会出现了。
李明勋并未直接返回大本营，而是先去了一趟昆明，将对战略局势的叛乱与李定国、刘文秀进行了交流，取得了他们的谅解，实际上这二人也没有什么其他意见，因为西南的局势已经稳定下来了，大明与满清五个藩镇在西南对峙多于战斗，谁也奈何不了谁。
而等李明勋回到大本营的时候，已经是十一月了，元老院没有想到，南下谈判的李明勋顺道灭了一个国家，这可不是南洋那些苏丹国，这可是真腊国，一个在中国历史古籍中存在了上千年的国家，是文明古国，对于国内的震撼不可为不大。
元老院更没有想到的是，李明勋南下一趟，原本定下的战略来了一个一百八十度的大反转，但李明勋回到大本营得到的第一个消息是，日本方面真的出事了，而且是大事！
日本，长崎城外。
一个戴着斗篷的男子在几名武士的陪伴下来到了一座小村的外面，这是地道的日本村落，房屋的外墙直接用石头堆砌，没有灰浆涂抹，简陋的稻草做成的屋顶，窗户和门都很小，院墙也是矮矮的，把房屋、猪圈和一口井圈住，唯一值得瞩目的是屋后那株高大的枫树，这个男子不明白，为什么日本的枫树在这个季节会红的这么亮眼，不......不是的，好像只是部分是鲜红色。
男子跨进院落，看到了被房屋挡住大半的枫树，也弄清楚了为何那几片枫叶为何这么红，因为枫树下倒着两具尸体，是他们被杀时候的鲜血染红了枫叶。
不远处的河边响起了火铳的声音，男子走出小院，来到了河边，夕阳下的小河里全是闪烁的金光，但男子的眼睛总是被尸体所吸引，十几具尸体匍卧在河边和浅浅的河水之中，他们多是刚才那个小村落的村民，男子看到自己人，问道：“是你们杀了他们吗？”
那几个武士好不容易才从这蹩脚的日语中听明白，连忙说道：“不是，他们死了至少半天了，我们刚才开枪是因为芦苇荡里出现了敌人。”
“不会是你们的主家吧，我知道，按照你们日本的习俗，向主人动武是要重刑的。”男子说道。
“当然不是，是盗贼，这段时间这里太乱了，我从未见过这么乱的地方，或许只有我祖父所处的群雄并起的年代才是这样吧。”武士说道，但提及混乱与杀戮，他反而一脸向往。
不消半刻钟，一行骑兵赶到，跳下一个身着华丽大铠的男人，这个矮壮的男人说道：“科隆阁下，一切都已经布置好了。”
“东印度公司绝对不会忘记您帮助的，忠朝殿下。”男人摘下斗笠，露出了一张西洋人的脸，正是东印度公司的科隆。
而那位忠朝则说道：“这是我大久保忠朝应该做的，我是为了将军，为了武士的荣耀！”
说罢，他指着远处的长崎城，说道：“很快，那里将会是一片战火，烧尽低贱的商贾和海外的蛮夷带来的肮脏，日本，将要再次回到武士统治的纯粹时代。”8)