后面到了康熙二十年又是废卫改县的重要时期，如二十六(1687)年裁毕节、赤水二卫置毕节县，裁永宁卫置永宁县，乌撒卫亦裁，全部并入威宁府。
此后的雍正五年(1727)改永宁县隶四川，七年(1729)改大定州为府，以威宁府为州，属大定，十一年(1733)设大定通判驻水城，设水城厅，乾隆元年(1736)割四川叙永厅之岩上、岩下地益黔西州，编为平定里，四十一年(1776)，割平远州之崇信、时丰、岁稔三里属水城通判，于是大定府领厅一、州三、县一。终清之世，不再有变。
与此同时，驻兵数量也在不断削减。康熙二十三年(1684)平远、黔西改镇为协，各裁兵一千多名，第二年威宁镇裁兵七百多名。
雍正三年(1725)，大定改镇为协，兵员逐渐减至1，200名，一镇三协遂成定制。
而流官制建立后，清廷接着将则溪制下的自然寨改造为里甲。
与明代贵州行省建立之初，为弹压土司而设府、每府只有两三里、每里只有寥寥几户的状况不同，清廷在黔西北地区的府州制、里甲制已不再徒有象征意义，如平远州共有向化、怀忠、兴文、慕恩、太平、敦仁、崇信、时丰、岁稔九里，威宁州则编户十里，即全化、遵化、德化、性化、宣化、归化、顺化、致化、广化、大化。
里甲的名称显示出清王朝对“新疆”教化的期望。
这些里甲涵盖了黔西北数目众多的自然寨，但原有的聚居状况得到了新制度的尊重，里甲正是在则溪制与自然寨的基础上建立的。
每个则溪编二里、三里不等，如大定府将原来的四个则溪各编二里，共八里。
每里通常含十甲，但也有含七甲、六甲的，如黔西州。
每个甲由数目不等的寨组成，多则六、七十寨，如大定府亲辖地的乐贡里一甲;少则一、二寨，如黔西州永丰里的四甲只有黄土坡一寨。
与里甲制不同，后来的保(牌)甲制有明显的对自然寨进行划分的痕迹，如平远州向化里共有甲10，寨49，编为145牌。
像是毕节县主要由毕节、赤水二卫合并而成，情况有所不同。
要知道卫所本来就是王朝“版图”与“文教”之区，官员们规定里甲名称时似乎注意到了这个特点，没有炫耀“开疆”之功，也没有寄寓对教化的殷切期望。
该县有东、南、西、北、长乐等里，而新纳入“版图”的八个夷屯，则被命名为平定里。
这些里主要由屯、堡、铺、伍构成，甲的数量极少，带有明显的军卫痕迹。
如东里含十八伍;南里由七伍、二屯组成;西里有十一伍、十铺，只有北里含有六个甲、十七个伍，长乐里似乎全由甲组成。
夷屯原非毕节县的土地，系雍正七年(1729)由四川割归而来。
夷屯的来源通常是，土目随朝廷从征有功，授其土千总等职，其领地便被称为夷屯。
与此相对，毕节、赤水二卫原有的屯地被称为军屯。
怎么说呢，有学者在毕节县清水镇等地作调查时，哪里的老人们尚能清楚地告诉我哪些地方是夷屯，哪些地方是军屯。夷屯的主管者主要是彝族人。
明初编订里甲的原则是，“以一百一十户为里，推丁多者十人为长，余百户为十甲，甲凡十人。”
不管实际执行过程中是否严格遵循此原则，其着眼点无疑在人不在地。
清初黔西北的里甲制以寨为基础，虽然一里十甲的规则可以大致遵照，却无法拘泥于固定的户数，并且指导思想与前朝亦有差异。
例如平远州“境内颇多田，因田制里，里有九”，田土而不是户丁成为划分里甲的依据。
大定府的情况与此颇有相似之处，首任知府宁云鹏称:
爰度地方远近，亦划东西南北为四乡，分八里:府城东，旧伐戈则溪，编悦服、乐贡二里;府城南，旧火著则溪，编大有、嘉禾二里;府城西，旧架勒则溪，编永顺、常平二里;府城北，旧木垮则溪，编仁育、义渐二里。里各有甲，甲各有户。
这段引文透露出来的另一重要信息是，与流官府、州的设置相似，大定府的里甲与原来的则溪制度亦有着密切的渊源关系。
户丁没有成为划分里甲的依据，这或许与明清时期整个赋役制度的变革有关，但与当时“夷多汉少”的情况似亦不无联系，改流之初为官平远的黄元治称:
(平远)城中皆兵，惟东西二门外，流氓落落十数家。
至群苗，则居溪洞、笼箐中，如鸟兽之巢穴，不可以近人。
但“不可以近人”并不意味着清廷不清查原住民，事实上，清初原住民拥有黔西北的绝大部分田地，“因田制里”同样离不开对他们的调查，因此，原住民的户数官府是有记载的，作为对新入“版图”之民的绥抚，官府编户而不审丁——这意味着丁差的豁免。
也正是因此，标志着土目权威所受到的挑战。
首先是土目身份的变更。
众所周知，“土目”是一个在文献中频频出现的词语，具有多种含义，有时甚至等同于土司。
据李世愉先生考证，史籍对土目的解释大致有三种，1、土人之头目;2、隶属于土司的佐治之官;3、土司职官体系中的一个等级，无职衔，无品级。
所以我们下文结合彝、汉文献与田野调查所得，对此问题作一稍微详细的探讨。
彝语中未见有“土目”一词。改流前，黔西北地区的政治权力往往与家族的权力交织在一起，君长通常会分封其亲属作为慕濯、奕续、峨等。
如前文所述，慕濯、奕续既是具体的官职，又泛称所有的受封者。
“峨”亦是如此，乌撒土目安光祖所译彝书称:
君长曰蔺，称为苴慕，犹可汗、标信之称。大部曰慕濯，次曰祃裔，次曰奕续，通称为峨。
苴慕立，分其诸弟为峨，授以土地，分以重器，而以黑、白夷各数族分之。
“峨”即，直译为“官家”。后来意译为“土目”，这显然是受了土司制度的影响。
如光绪《黔西州续志》称:“峨，译言贵胄，今为小土目。”黔西北的老人们告诉我，1949年前依然是土目与官家并用，根据辈份，对土目及其亲属的称呼有一定变化，如“官爷”、“官奶”、“官叔”、“官小姐”等。
土目的孩子尽管只有两三岁，也必须对他表示尊重，称其为“官少爷”。
像是有学者在乡村作调查时，常常听人谈起水西有四十八土目，此可与文献相印证。
《明史》称:“初，安氏世居水西，管苗民四十八族。”王阳明亦云:“安氏之职，四十八支，更迭而为。”
不过四十个概数还是确数，大家可能有所疑问，就是水西真有四十八目吗，这点在万历年间贵州巡按杨鹤曾清查“四十八支头目管辖土地以及人民贡赋钱粮之入”，所以据此四十个确数。
包括《广舆记》与《黔南识略》甚至详细列举出了四十八目的名称。
彝书似乎没有“四十八目”这样的提法，但《西南彝志》记载了水西土目分封的过程，从妥阿哲幼子阿哲琪任土目开始，到鲁铺布局君长封布局珐舍为土目止，刚好产生了四十八目。
值得注意的是，并非每一代君长都会赐封土目。
乌撒分为四大部、二十四小部，共有土目三十二位。
以上讨论表明，土目(峨)系君长所封，获此身份相当不易。
改土归流后，君长不复存在，而清廷在制度上、法律上并没有承认黔西北的土目。
乾隆初年贵州布使陈惪荣称:伏查威宁系前明盐仓土府旧治，其土目乃土府之枝派，归化已久，并无印信号纸，只不过如民间之大户耳，但各有分管地方。
没有任何官方凭证，犹如民间之大户，可见在制度上并无土目之设。
《威宁县志》亦称“我邑向有土目数十家……均无所谓袭荫公文。”
土目显然并非朝廷或官府所封，他们的来源是对习惯的延续，系“自封”，乾隆前期的贵州巡抚爱必达对此有清楚的论述:
今之自谓土目者，皆安氏后裔也。……均系报亩入册，与齐民等，无所谓土司，亦无所谓土目也。
其支庶错居府属者，沿其夷俗，凡其祖报垦之田土，悉归长子承受，名曰“土目”;其或以私积别置田产者，亦概谓之土目。
土目多安姓，大约田多而佃户众者，即称土目，非官设也。
虽然官方不承认土目，但它作为一个曾经代表着权力与财富的名称，依然深入人心，有田土的权势者大都愿意自己戴上这一顶耀眼的光环。
从前严格的、规范化的土目产生程序已经荡然无存。
甚至许多并非土司后裔的权势者同样自称或被他人称作土目，爱必达的描述对此已有所暗示。
在田野调查中，赫章县雉街彝族、苗族自治乡发达村的陈朝龙、陈朝华先生说过，许多土目并非官府所封，而是自己“呼”的，他们家族中有一个哥子，家大财大，同村或其它村的人都说:“哎呀，你也象土目一样了。”结果人人喊他陈土目，他也就同土目差不多了。
两位老人讲的虽是民国三十年代的事情，但或许也能反映出清代的情况。
权势者对土目这一名称的追求以及获得这一称号的随意性，导致了土目数量的扩张。
据府志，府亲辖地、水城厅、平远州、黔西州的土目数分别为48、30、11、3，共计92家，而明代这些地区仅有42位土目。
威宁州(原乌撒地区)共计57位土目，远远超过了明代的32位。
到了1940年代后期，黔西县仅沙窝区便有土目8家，比道光时期全州的土目数还要多。
至于基层社会中的土目的话，因为清王朝虽然废除了土司制度，但却无法立刻改变黔西北地区“夷多汉少”的局面。
平定之初，除了城中数以千计的驻兵之外，广袤的山箐中居住着人口众多的原住民，只有城市附近寥寥落落地分布着几十家流民。
后来移民不断涌入，极大改变了黔西北的人口构成状况，但原住民的数量依然相当可观。
道光时期的方志编修者们的调查显示，大定府亲辖地虽然出现了众多的汉民大寨，但各种黑夷大寨、夷民大寨、革老大寨、仲民大寨、苗民大寨、羡民大寨、蔡民大寨、裸罗大寨、六额(子)大寨、侬民大寨、僰夷大寨仍然星罗棋布，其数量甚至超过了汉民大寨。
此外尚有少量的汉夷大寨、汉苗大寨、僰民黑夷大寨、羡民僰民大寨、汉夷苗寨、夷侬汉苗寨等，各种族类大聚居、小杂居，情况极为复杂。
《大定府志》虽然只记载了府亲辖地的族类分布状况，但其他州县的情形大概亦与之相似(原卫所地区除外)，而威宁州(原乌撒府)的汉文化相对落后，1954年后成为黔西北地区唯一的民族自治县，由此推测，清代威宁州的原住民在人口中似应占有更高的比例。
复杂的族类构成无疑使官员们头疼，在他们眼中，原住民所居之地“如鸟兽之巢穴，不可以近人”。
历史与文化的隔膜，使得对黔西北的施政较内地犹难。
朝廷未能迅速培植起一个忠于自己的基层力量(如绅士阶层)协助官府治理原住民，因此在很大程度上只有借助既有的势力集团——土目。
这样，虽然在制度与法律上土目不被承认，但官府在事实上默许了他们对基层社会的控制。曾亲履黔西北的赵翼云:
贵州之水西倮人更甚，本朝初年已改流矣，而其四十八支子孙为头目如故。
凡有征徭，必使头目签派，辄顷刻集事。流官号令，不如头目之传呼也。
倮人见头目，答语必跪，进食必跪，甚至捧盥水亦跪。
头目或有事，但杀一鸡，沥血于酒，使各饮之，则生死惟命。余在贵西，尝讯安氏头目争田事。
左证皆其所属倮人，群奉头目所约，虽加以三木，无改语。至刑讯头目已吐实，诸倮犹目相视不敢言，转令头目谕之，乃定谳。
……
……
……
8)