这起大案是在鳌拜的坚持下兴起的，他疯狂对办理本案的官员叫嚣道：“给我查，只要和本案有一点关系的，都不能放过，’宁肯杀错一千，不可放过一个‘。”
杭州将军松魁、浙江巡抚朱昌柞、督学胡尚衡等人都是索尼的人，此时知道”大祸临头“，四处花钱打点，鳌拜这次主要对付的政敌乃是苏克萨哈，于是暂且放过他们一码。
杭州将军松魁是个满人，他不识汉字，向来只负责军事方面的事务，《明书辑略》案的责任，他全部推给了自己的师爷，于是松魁被判削去官职，充军发配，师爷被押解进京后斩首。
浙江巡抚朱昌柞、督学胡尚衡贿赂了办案官员，将责任全部推卸给归安和乌程县的学官，侥幸逃脱了处分。
湖州原任知府陈永命得知此案兴起，在家乡自杀而亡，尸体也遭到屠戮；新任知府谭希闵刚刚上任，不足半月，也被此案株连，和湖州推官、训导一起被判了个“知情不报”的罪名，无辜被诛杀，归安和乌程县的学官均被诛杀。
胡子睿晚上做了一个奇怪的梦，他刚睡下就梦见有个人向他行礼道，胡子睿吃了一惊，忙问他是什么人，那个人答道：““微臣名叫吴炎，明朝亡后又改名叫赤溟。”胡子睿更加奇怪了道：”吴赤溟来找本王做什么。“吴赤溟道：”我们被吴之荣这个无耻小人所害，死的冤枉，请殿下为我们作个见证。“
胡子睿还要问个毕竟，吴赤溟却不再答话，只道：”殿下请随我来。”胡子睿眼下一道白光闪过，胡子睿在睁开眼睛的时侯，只见自己所处之地已经不是王府，而是来到了一个广场之上，忙问道：“吴赤溟你带我来那里了？”
吴赤溟道：“这里是杭州弼教坊广场。”
胡子睿连忙问道：“那现在是什么时侯？”
吴赤溟道：“今天是满酋冶下的康熙二年五月廿六日，换成你前世的时间就是公元一千六百六十三年六月三十一日1。”
胡子睿算了算，离他现在所处的天启末年约有将近四十年的时间，脸上露出奇怪的表情道：“你也知道我穿越的事？你还没有回答带我来这里的用意啊。”
吴赤溟没有马上回答胡子睿的话，保持着沉默。
此时的杭州弼教坊广场上，笼罩在“凄风苦雨”之中，雨越下越大，仿佛天地也为这些无辜受刑的人们落泪。一千多名囚犯淋着大雨跪在地上，等侯发落，围观者眼含热泪的看着囚犯们，却又因为感到自身处境危险，不敢与司法官直视。司法官大声宣判道：“庄廷钺，凌迟处死；庄家成年男子，凡年纪在十五岁以上的全部判斩立决，女人全部发配宁古塔，与披甲人为奴。”
司法官停断了一下，又道：“庄廷珑虽在案发前就已经得病死去，然而其大不敬之罪责难逃，掘开坟墓，打开棺材，尸体被戮后当街示众，以敬效尤；庄允成被捕，死在牢中，同庄廷珑一样，尸体被戮后示众，一众女犯皆发配宁古塔，与披甲人为奴。”
吴赤溟道：“殿下，今天是明史案宣判的日子！也是微臣‘舍身取义’的好日子！”
胡子睿知道庄允成肯定是不堪狱卒的严刑拷打而死的，他磨拳插掌道：“爱卿，我把这些人面兽心的夷狄全部干掉，把你们救出来。”
吴赤溟解饰道：“殿下，你这是在梦中，只能观看，不能行动啊！”
刽子手听到庄廷钺等人的名字，立即将人带到刑场行礼，庄家上下几十口人，个个脸色苍白，浑身发抖，刽子手们“手起刀落”，一个个死不瞑目的头颅滚了满地，血流成河，尸积如山。
作序者李令皙全家的下场，也和庄家一样。李令皙的幼子本是远近闻名的天才，人也长生得风流傥倜，李令皙曾经花钱贿赂过吴之荣，吴之荣也试图帮他掩盖实际的年纪，让他逃过一死，给李家留下一个后人，李令皙的幼子确是一个有骨气的人，慨然赴死道：“我全家都死了，一个人独活，还有什么意思！”
参与过《明书辑略》的十八个学者，除了范骧、查继佐、陆圻三人因为首告而得以幸免外，其余全部遭到屠戮。
由于鳌拜的授意，办理此案的官员对于涉及到此案的人，一概从重、从严处理，有些小人就此案诬陷、威胁、勒索他人，受怨者竟也无处申诉讼。
鳌拜在基本查明案情后，又专门派遣使者，赴杭州和浙江督抚一起“丧心病狂”地将印刷工人、贩卖书的商人、店员，买书的文人，议论过这本书的人全都抓了起来，一并加以屠戮。
书商陆德儒被逮捕时，正好在筹办喜事，不仅全家老小被抓，边前来观礼的亲人也被抓；还有个书商李尚白，当时在京城购书，结果就地处斩，派去买书的差役被斩，差役买书时没有遇到主人，便坐着一个街坊那里等了一会，这个街坊竟也因为犯了所谓“知情不报“的莫须有罪名。
胡子睿脸上带着愤恨的表情道：“印刷工人不过是做自己非份的工作，这样也有罪过么，还有那个老伯，连字都不识，居然也被株连，我没想到这帮夷狄居然如此‘丧心病狂’，‘不辨是非’。”
吴赤溟向胡子睿指着一个人道，那个是我，我本是此本书的总编辑之一，是心向大明之人，曾经自发编辑过明史。就在行刑之前还抒发了自己对大明王朝的怀念之情，痛斥满清压制迫害文人的罪行，慷慨就义道：”可怜大好河山，沦落于夷狄之手！“
胡子睿惊道：“你不是已经被斩了，现在出现在我面前的难道是鬼魂，莫非你想要谋害本王？”
吴赤溟脸上露出惶恐的表情道：“殿下乃是真龙天子，我那里敢有这种‘熊心豹子胆’，今天微臣大胆带殿下来此，只求殿下一件事情！“