当时曾有官员向天启皇帝提名内阁的几位大佬，可他们都知道辽东是个难摊子，谁都不愿意去；王在晋也不傻，他也不愿意去坐这个火药筒，可王在晋作为朝堂中一个技术型人才，论人脉深厚、皇帝恩宠自然比不过内阁的几位大佬，王在晋不是解经邦，他不会直接冒着被解职为民、永不录用的风险，拒绝天启皇帝的任命，所以在经过廷议这个程序后，辽东经略的人选就定王在晋了。
天启二年（公元一千六百二十二年）三月十八日，天启皇帝任命王在晋为兵部尚书兼右佥都御史，王在晋这个辽东经略管辖的范围除了辽东外，还包括蓟镇、天津、登莱等地。
王在晋去了辽东后没多久，他就给天启皇帝上了一道奏章，内容是这样的：“伏念东事离披，一坏于清抚，再坏于开铁，三坏于辽沈，四坏于广宁。初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏，捐弃全辽，则无局之可布矣。……。试问通国人情，谁肯直任经略？臣若不行，使奴酋奸细闻之，是羞中国也；谓当世真无御侮之士、灭奴之人，是轻当世也。臣不敢为毛遂之自荐，亦不敢效王阳之逡巡，拜命即行，以壮本朝士大夫之气。故知臣者与臣，怜臣者慰臣，而娝臣者思媒孽臣倘逐臣而使之归，臣之所大幸也。不然而阴谋构斗，祸移于国，臣之所不忍闻也。“
天启皇帝看了王在晋的奏折后，为显示对他的恩宠之情，天启皇帝特地赠给王在晋蟒玉、衣带和尚方宝剑，胡子睿听完后，笑道：“好一个王在晋，真是个滑头，看来他这封奏折里话中有话啊！”
胡子睿是这样分析王在晋的奏折，他所说的“一坏于清抚，再坏于开铁“，指的乃是杨镐当经略时侯的事情，杨镐领着杜松、刘铤这样的天下名将，将近十万百战老兵、各边精锐却惨遭萨尔浒之败，自身也被万历皇帝囚禁；
”三坏于辽沈“，指的是袁应泰这位水利专家、民政天才，此人虽然有报国之志，可怜他不是将才，白白断送了童仲揆、陈策、戚金这批将才，还有戚家军和白杆兵这种天下精锐，自己也失败自杀；
”四坏于广宁“，书生意气的王化贞和能左、右手射箭，精通兵法的熊廷弼也失败了，解经邦这样的名臣，宁可回家种田，也不愿意接这个烂摊子！我王在晋才能不可能超过以上这些人，所以我来任这个辽东经略是赶鸭子上架---吃力不讨好的！皇上你心里要明白，还有那些朝堂上的大佬们，你们可别想像黑熊廷弼那样黑我，我王在晋可是具体经办过钱粮的人，手里可有你们的把抦，把我逼急了，你们也落不到好！
徐光启佩服地点了点头道：“王在晋此人为官三十多年，他本身是办过军务的人，在任辽东经略前又曾经任过户、兵、工三部侍郎，对官场上的种种积弊，可谓一清二楚！”
胡子睿知道王在晋是想及时从辽东这个烂摊子里抽身，但他更关心的是王在晋具体怎么操作，欣然道：”王在晋去辽东后，又做了什么事呢？“
王在晋出任辽东经略后，他做的第一件事是就是主持仪式，祭奠历年来因建虏作乱，亡于辽东的文、武官员，这些人有的是王在晋的相识好友，有的则是素未谋面的人，他们是萨尔浒之战，英勇杀敌，最终亡于阵前的杜松、刘铤、马林；“三元及第历朝有，文武解元自古无”，大明王朝三百年来空前绝后之人，在萨尔浒之战后，强力压制奴尔哈赤，让他不敢冒进，最后却被阉党诬陷冤死的熊廷弼；浑河之战，面对建虏八旗全出的优势兵力，杀得敌人胆寒，战至全军覆没，犹如杀奴的童仲揆、陈策、戚金；沈阳、辽阳失陷后，自杀殉国、“慷慨捐躯”的袁应泰、张铨、何廷魁.；“赤胆忠心”、广宁之战被孙得功、李永芳这两个狗汉奸坑害的刘渠、祁秉忠、罗一贯；还有誓与广宁城共存亡的高邦佐等等.....
“惨不忍视！“王在晋看着堆得“层层叠叠“的牌位回味着他们的音容笑貌，也想起”千千万万“惨死起建虏之手的军士、百姓们，再想起天之降割于辽人也，有抛荒之田地而不得耕，有烧残之庐舍而不得处，有破坏之城郭而不得居。降者已削发而成禽，奔者且离乡而为鬼，老羸委身沟壑，少艾转眼从人。
王在晋想起一路经行，见其迁徙无常，流离载道，流至真保、山东、河南等处者，人数甚多，此皆挈有行资，稍能自活者也。惟是贫民无归，不能行路者，群聚蓟永一带，州、县投状投揭于臣，动以数百计，其散居村落者且数倍焉。王在晋不禁“痛苦流涕”道：“呜呼！辽祸之烈，一至是哉！”
胡子睿在心里暗自点了点头，同大公无私的熊廷弼相比，王在晋更像是个普通人，他虽然是个“想方设法”保着自己生命，“全身而退”的滑头，然而王在晋毕竟也是个有血有肉的大明人，王在晋深深地爱着大明这个生他、养他的国家。
死者已逝，而活者的人仍然要坚强地面对这一切，目睹着辽民们沿待乞讨、葬身沟壑的惨状，从王在晋的话中，胡子睿可以想到一个朝堂官员对辽事的深深无奈和痛苦。
王在晋不愧是个实干派，他做的第二件事，便是毅然为入关辽民求情；王在晋给天启皇帝上疏曰：”“请将入关辽民务在抚恤防闲，沿海间田有可屯种者，即以安插其人，毋令为患；永平之民脚根站定，则蓟镇植其藩而都城藉为障，一切征输不得不缓，岁课不得不宽，逋赋不得不免，仓谷不得不留，抽扣不得不蠲，参罚不得不恕；”
在解决了入关辽民的问题题后，王在晋然后提到防守的具体困难：“马廄空、药局空、车辆空、铳砲空、甲仗之库空；试问什么物质都没有，那什么去守关。我仔细问过永平守抚宁令，结而他却给我大答苦水，说铜铁无、硝黄无、工匠无、刍草无、豆粟无；”8)