倪元璐指出杨维垣到处说别人结党，自己才是阉党一员：”魏忠贤‘穷凶极恶’，杨维垣犹尊称之曰：‘厂臣上公’、‘厂臣不爱钱’、‘厂臣知为国为民’，而何责臣乎?......杨维垣又怪臣盛称韩爌。夫舍韩爌昭然忤珰之大节，而加以罔利莫须有之事，已为失平。至熊廷弼行贿之说，乃魏忠贤借以诬陷清流，为杨涟、左光斗诸人追赃地耳，天下谁不知，杨维垣犹守是说乎?
杨维垣又怪臣盛称文震孟。夫文震孟忤珰削官夺籍，其‘破帽策蹇傲蟒玉驰驿’语，何可非?杨维垣试观数年来破帽策蹇之辈，较超阶躐级之俦，孰为荣辱。自此义不明，畏破帽策蹇者，相率而颂德建祠，希蟒玉驰驿者呼父、呼九千岁而不怍，可胜叹哉!“
胡子睿知道所谓“策蹇”即骑着跛脚之驴，文震孟此语出自苏东坡所著《和子由渑池怀旧》一诗：“人生到处知何似，应似飞鸿踏雪泥。泥上偶然留指爪，鸿飞那复计东西。老僧已死成新塔，坏壁无由见旧题。往日崎岖还记否，路长人困蹇驴嘶。”文震孟遭魏忠贤陷害罢官削籍，自己戴着破帽子、骑着跛脚之驴，比喻处境艰苦，但他自认为即使处于艰难困苦的环境下，因为“问心无愧”，可以傲视那些依附魏忠贤穿蟒玉、骑快马的所谓“春风得意”之人。
倪元璐指出魏忠贤摧残民间的学术交流，试图以学术权威自居，:“杨维垣又怪臣盛称邹元标。夫谓都门聚讲为非则可，谓元标讲学有他肠则不可。当日魏忠贤驱逐诸人，毁废书院者，正欲箝学士大夫之口，恣行不义耳。自元标以伪学见驱，而逆珰遂以真儒自命，学宫之内，俨然揖先圣为平交。使元标诸人在，岂遂至此!“
胡子睿知道明朝对于文化交流这方面是非常宽松的，相比于满清文人遭遇的种种“文字狱”，文人在大明朝真是当家作主人，尤其是江南一带的士子们，他们可以肆意地批评皇帝、大臣，随意地否定朝政，他们可以爱繁华，好精舍，好美婢，好**，好鲜衣，好美食，好骏马，好华灯，好烟火，好梨园，好鼓吹，好古董，好花鸟，兼以茶淫橘虐，书蠹诗魔.....
然而，他们终究会知道大观园再美好，也只是“水中月”、“镜中花”，辽东的建酋“野心勃勃”地想占据二京十三省，想让汉人都作他们的奴才!遥远的陕西省，有个强壮的黑脸汉子正带领着一群挣扎在生死线上的农民，因为天灾人祸，他们的队伍会越来越庞大......
胡子睿知道自己如果不能拯救这大明王朝，这畸形的繁华终究会被“风吹雨打”去，野蛮人会将这些所谓的资本主义萌芽也被把强行掐掉，那些曾经反对大明，反感战争的文人们，在野蛮人的统冶之下，会终其一生来忏悔自己做过的错事，会追忆大明的好处;而自己现在要做的就是保护这个大明王朝，保护文人的风骨不被野蛮人摧毁，让资本主义的萌芽成长为参天大树，让那些无用的悔恨，忏悔不再发生，虽千万人，吾往矣!......
倪元璐奏道：“杨维垣又驳臣假借矫激。夫当崔呈秀、魏忠贤之世，人皆任真率性，颂德建祠。使有一人假借矫激，而不颂不建，岂不犹赖是人哉!杨维垣以为真小人，待其‘恶贯满盈’可攻去之，臣以为非计也。必待其‘恶贯满盈’，其败坏天下事已不可胜言，虽攻去之，不已晚乎!即如崔呈秀、魏忠贤，‘恶贯满盈’久矣，不遇圣明天子，谁攻去之?杨维垣终以‘无可奈何’为颂德建祠者解，臣以为非训也。“
依胡子睿看来，如果任由魏忠贤这样继续膨胀下去，他是否会像王莽篡夺汉朝，夺取明朝江山也未可知！
倪元璐指出正是因为有像杨维垣这样的阉党，魏忠贤才得以旋展拳脚，现在正是清理他们的时侯:“假令呈秀一人舞蹈称臣于逆珰，诸臣亦以为‘无可奈何’而从之乎?又令逆珰以兵劫诸臣使从叛逆，诸臣亦靡然从之，以为‘无可奈何’而然乎?杨维垣又言:'今日之忠直，不当以崔呈秀、魏忠贤为对案'，臣谓正当以崔呈秀、魏忠贤为对案也。”
倪元璐借崔呈秀、魏忠贤当一面镜子来鉴别人物：“夫人品试之崔呈秀、魏忠贤而定矣，故有东林之人，为崔呈秀、魏忠贤所恨其抵触、畏其才望而必欲杀之逐之者，此正人也。有攻东林之人，虽为崔呈秀、魏忠贤所借，而劲节不阿，或远或逐者，亦正人也。以崔呈秀、魏忠贤定邪正，犹以明镜别妍媸。杨维垣不取证于此，而安取证哉。“
崇祯皇帝认为倪元璐说得有理，寻进侍讲。倪元璐向崇祯皇帝请命，毁《三朝要典》，言:“梃击、红丸、移宫三议，哄于清流，而《三朝要典》一书，成于逆竖。其议可兼行，其书必当速毁。盖当事起议兴，盈廷互讼。主梃击者力护东宫，争梃击者计安神祖。主红丸者仗义之言，争红丸者原情之论。主移宫者弭变于几先，争移宫者持平于事后。数者各有其是，不可偏非。”
倪元璐指出三案已经变质成为阉党的利器：“总在逆珰未用之先，虽甚水火，不害埙篪，此一局也。既而杨涟二十四罪之疏发，魏广微此辈门户之说兴，于是逆珰杀人则借三案，群小求富贵则借三案。经此二借，而三案全非矣。故凡推慈归孝于先皇，正其颂德称功于义父，又一局也。网已密而犹疑有遗鳞，势已重而或忧其翻局。
崔、魏诸奸始创立私编，标题《要典》，以之批根今日，则众正之党碑;以之免死他年，即上公之铁券。又一局也。由此而观，三案者，天下之公议;《要典》者，魏氏之私书。三案自三案，《要典》自《要典》也。今为金石不刊之论者，诚未深思。臣谓翻即纷嚣，改亦多事，惟有毁之而已。“8)