崇祯帝遂罢刑部尚书乔允升，曹于汴也归入阉党论罪；崇祯帝命阁臣办理阉党案，阁臣以外廷不知内事对。崇祯帝曰：“岂皆不知，特畏任怨耳。”崇祯帝明白阁臣们不敢得罪同僚的心态，但是他手上有秘密武器；于是，同日，崇祯帝召阁臣入，手指黄袱所褁章疏若干，曰：“此皆珰实迹也，宜尽按入之。”于是，发原奏及前红本未入各官六十九人，各令酌定。于是案列甚广，几无遗矣。
崇祯皇帝又将刘志选、许显纯等十九人的发配罪行全改为斩首，这才颁示天下诏曰：魏忠贤逆案，首逆凌迟者二人：魏忠贤，客氏；首逆同谋决不待时者以崔呈秀为首五人；交结近侍待秋后处决者刘志选等十九人；结交近侍次等充军者魏广微等十一人，交结近侍又次等论徒三年输赎为民者：大学士顾秉谦、冯铨、张瑞图、来宗道，尚书王绍徽、郭允厚、张我续、曹尔祯、孟绍虞、冯嘉会、李春晔、邵辅忠、吕纯如、徐兆魁、薛风翔、孙杰、杨梦衮、李养德、刘廷元、曹思诚，南京尚书范济世、张朴，总督尚书黄运泰、郭尚友、李从心，巡抚尚书李精白等一百二十九人。交结近侍减等革职闲住者，黄立极等四十四人。魏忠贤亲属及内官党附者又五十余人。“
罪犯按其罪行，死、戍、罢职，轻重有差；许显纯辩称自己乃是嘉靖皇帝之女嘉善公主的孙子，他爷爷是驸马都尉许从诚，真正的皇亲国戚，按律不当斩，崇祯帝亲批执行斩刑曰：“该犯罪恶滔天，不容宽恕！”行刑之日，黄宗羲、杨之易等一干忠臣之子，眼见大仇得报，均焚香设案，哭奠忠魂，围观群众见到这一幕也“泪如雨下”。
大学士顾秉谦回乡后，昆山民积怨顾秉谦，聚众焚掠其家，得其窖藏银四万献于朝；顾秉谦年八十，仓皇窜渔舟得免，“隐姓埋名”寄居他县以待死。
毛一鹭亦以忠贤党被罪家居，白昼见周顺昌乘舆，颜佩韦等骑而从，直入坐中堂。毛一鹭大怖，遂病死。周顺昌之长子周茂兰刺血上书白公冤，诏赠太常寺正卿，谥忠介，予特祠。
魏珰败，好事者作传奇十数本，多失实，张岱为删改之，仍名《冰山》。城隍庙扬台，观者数万人，台址鳞比，挤至大门外。一人上，旁白曰：“某杨涟。”众人齐曰：“杨涟！杨涟！”声达外，如潮涌，人人皆如是。杖范元白，逼死裕妃，怒气忿涌，噤断嚄唶。至颜佩韦击杀缇骑，嘄呼跳蹴，汹汹崩屋。
沈青霞(沈炼)缚橐人射奸相严嵩，以为笑乐，不是过也(此一节前文有述，不复述)。是秋，张岱携之至兖州，为大人贺寿。一日，张岱宴守道刘半舫，刘半舫曰：“此剧已十得八九，惜不及内操菊宴、及逼灵犀与囊收数事耳。”张岱闻之，是夜席散，遂填词，督小傒强记之。次日，至道署搬演，已增入七出，如刘半舫言。刘半舫大骇异，遂诣大人，与张岱定交。
朝野奸党清理完毕，崇祯帝可以大展拳脚了，在用人方面他提出朝臣们要废虚务秉公办事，反对官员结盟，民间人士结党、创复书院以滋纷扰；革除女子缠脚；崇祯帝强调应该以法冶国，国家以法制为先，法制以遵行为要，能动性遵行而后有法制，有法制而后有国家。其事大关世道人心，如纲常伦纪、教养大典，则宜立法以为准焉，针对已经实施三百年之久的大明律存在的积弊，组织官员针对性进行讨论、修改。
在政冶方面，在加强舆论方面的监督，两京十三省开放报纸以议政论政；制定相应财政预算，税收方案；严禁贪污腐败，崇祯帝表示各官赃私可恨，皆纱帽下虎狼也。若不严惩，民生何赖？
崇祯帝又任命徐光启为工部尚书，徐光启向崇祯皇帝建议提升工匠地位，成立独立的科学研究院，研制红夷大炮、改进火枪、气球等军用物品，研发纺织机、蒸汽机、火车、四轮马车等机器设备，重奖技术发明、强化专利意识；
在经济方面，研发水泥用来修建各省、县的道路，整理城市交通，疏浚河道，兴修水利，大兴车马、舟楫之利；制定法律保护私人财产，建立银行、保险公司，鼓励民间慈善事业；同时报纸开设国际大势专栏，介绍西方的先进经验，强化中西交流，允许正常的中外人员交流，但不得干涉朝政，也不得于预宗教自由。
“唐宋的苏轼曾云：‘丰财之道，惟在去其害财者。’今日，大明之伤害最大者有二，冗吏、冗费是也。历代官制，大汉王朝不过七千五百员，盛唐也只有一万八千员，宋朝实行冗官制度，几乎翻了一番，至三万四千员。”
徐光启笑着侃侃而谈道：“本朝自成化五年起，武职官员已逾八万。加上文职官员，十万有余。今边功升授、勋贵传请、曹局添设、大臣恩荫，加以厂卫、监局、勇士、匠人之属，岁增月益，不可悉举。多一官，则多一官之费。请皇上清革冗滥，减俸降薪。”
徐光启的分析透彻，说服力强，满朝文武知道徐光启所说的乃是正理，武职官员人数太多，反而影响行政效率，赞成他意见的人很多。对于徐光启的这些建设，崇祯皇帝皆允许。
崇祯皇帝又任命毕自严为户部尚书，毕自严生于隆庆三年（公元一千五百六十九年），字景曾，号白阳，山东省淄川（今淄博市）人。万历二十年（公元一千五百九十二年）中进士，授松江推官。年少有才干，征授刑部主事。历工部员外郎中，迁淮徐道参议。内艰阕，分守冀宁。改河东副使，引疾去。起洮岷兵备参政。以按察使徙治榆林西路，进右布政使。泰昌元年（公元一千六百二十年）时，召为大明九卿之一的太仆卿。8)