郑森道：“但大部分江南士子还是支持天子和武威伯的，崇祯得罪的不过是北方士子。北方士子管他们死活？他们先投闯贼再投建奴，就已经是我们大明的敌人了！”“长江口不好进啊，”郑芝龙决定出兵了，但又感慨一声，“若是崇明大营不在我军手中，我军恐怕进入长江口都会损失惨重。”
“请父亲大人放心好了，崇明已在武威伯之手！”
崇明岛目前还未形成中国第三大岛，只是一连串没有连在一起的沙洲。长江口正在剧烈的造陆运动，浮浮沉沉的沙洲，对于进入长江口的船队来讲是个巨大的威胁，所以没有崇明水师大营的话，郑芝龙也不敢让他的水师进入长江口。
李国栋当然知道崇明水师大营的重要性，因此他在北上勤王的时候，就让他的舰队控制住了崇明。
既然崇明在淮军水师手中，郑芝龙也没有什么顾虑了，郑家军水师出兵，北上勤王。
农历六月，正是东南风的季节，郑家军水师从福建金门启程，以五节航速航行，一昼夜可以航行一百海里，折合一百八十六公里，明朝的一里为五百五十四米，一昼夜即可航行三百三十余里，这样的速度是任何一支陆师行军速度都比不上的，从金门到长江口，只需要八日左右，郑家军水师船队就能抵达长江口。
李国栋等了十日左右，终于等来了他期待已久的瓜洲长江大战。
江面上，炮声隆隆，硝烟弥漫，郑家军水师船队打出了勤王旗号，向赵之龙的明军长江水师开炮了。
郑家军水师大福船众多，以最常见的五百料大福船为例，郑家军水师的大福船船艏一门三千斤红夷大炮，两舷各有两门千斤佛郎机，船尾还有一门千斤佛郎机，除了火炮之外，大福船上还装备了鸟铳、斑鸠脚铳、喷筒、弓箭、猛火油柜和火药罐等武器。除了大福船，还有水艍船、蜈蚣快船、小舢板等各种船只。
郑芝龙自己的座舰，则是一艘悬挂中式硬帆的西式船体战舰，拥有两层火炮甲板，四十多门大炮从炮门内伸出黑洞洞的炮口，向江面的明军水师发去一发发炮弹。
在水师规模方面，郑家军水师是当之无愧的大明第一水师，规模远超赵之龙的长江水师，战事一开始，赵之龙的长江水师就处下风。
瓜洲江边，崇祯等人站在临时搭起的高台上，远眺江面这一场激战。
“皇爷，郑芝龙此战必胜？我们终于可以过江了！”王承恩激动的看着江面的激战。
隆隆炮声中，江面腾起了一道道冲天水柱，这一场水战看起来打得十分激烈，但真要击沉一艘船却并不容易，在颠簸的江面上，像大福船这类船头只有一门火炮的战船，以前装滑膛炮那感人的命中率想要击中一炮，是多么不容易的事情。双方以火炮对轰，看得热闹，打了半天却只击沉了几条冲在前面的小舢板。
双方的战船彼此接近了，这才是真正重头戏的开场。
郑芝龙水师拥有规模庞大，船只数量多，船大、炮多、火器先进的优势，但劣势是逆流而上，赵之龙的水师从上游冲下来，可以用火攻船顺流而下，向郑家军水师发起攻击。
郑家军中军，郑芝龙那庞大的西式座舰上，郑芝龙站在船尾舵楼上，让亲兵发出命令：“快船和舢板出击，拦住赵逆火攻船！”
一条条蜈蚣快船和小舢板从水师大船之中冲出，迎着赵之龙的火攻船冲去。
赵之龙见状，下令快船和小舢板杀出，企图拦住郑家军的快船和小舢板，阻止郑家军破坏自己的火攻船。可是赵之龙毕竟是一名纨绔子弟，忻城伯世袭第七代子弟，整天吃喝玩乐，怎么打仗的本事早就不会了，还要让他指挥水师作战，也真是难为了他。
无论是数量上、火力上还是水兵训练方面，赵之龙的水师都远不是郑家军水师对手。双方的蜈蚣快船和小舢板进入近战之中，郑家军的快船以佛郎机炮和斑鸠脚铳轰击对手，弹如雨下，打得明军长江水师船上的官兵纷纷落水。郑家军的快船凭借着数量上的优势，同时对付赵之龙的快船和小舢板，打得赵之龙的水师狼狈逃窜。
郑家军小舢板杀向火攻船，小舢板上的郑家军水兵取出弓箭，什长打开火种罐，点燃了火把，水兵们拉开弓箭，什长以火把点燃火箭，水兵们手指一松，一支支火箭向赵之龙的火攻船飞去。
满天飞蝗般的火箭落在火攻船上，转瞬之间就燃起了熊熊烈火，操纵火攻船的明军水兵只好跳上后面的小船，逃离起火的火攻船。
解决了赵之龙的火攻船后，郑家军水师主力战船杀向了赵之龙水师的主力战船，双方在江面上展开了一场激战，错了，应该是是郑家军水师对赵之龙水师一边倒的屠杀。
赵之龙损兵折将，大船几乎全部丢干净了，就连他自己的中军座舰，也中了多枚红夷大炮的炮弹，打得船上士卒死伤惨重。惨败的赵之龙带着残兵败将和残存的战船，逃回了对岸镇江岸边。
“相爷，赵之龙败了，已经无法阻止昏君崇祯渡江！”保国公朱国弼脸色凝重，匆匆忙忙的闯入了内阁，向首辅马士英禀报。
“保国公，你们勋贵手里还有多少兵？”马士英问道。
朱国弼、赵之龙、徐久爵、刘孔昭再加上态度还不确定的常延龄，南京京营的军队尚有五万大军，再加上马士英等人招募守城民壮，可以拼凑出一支十万人的军队驻守南京。
事实上南京京营的兵已经是烂到无可救药了，比京师大营的兵还要烂，都是属于不堪一击的那种类型，南京京营的兵，可以说每一个小兵都是实世袭勋贵子弟，指望他们能打仗，还不如多拜拜佛祖，多烧几柱高香，说不定还能天降陨石砸死崇祯。
不过对于马守应来讲，有一点好处就是南京坚城固若金汤，以李国栋和郑芝龙的十多万联军想要攻破南京并非易事，李国栋的六万大军有一万五千人是水师，扣除了辅兵和骑兵，真正能用来攻城的步兵只有两万；郑芝龙的五万大军大部分都是水师，能登陆作战的步兵只有一万，以三万人要攻打南京，恐怕很吃力。
更何况南京城内还有百万百姓，只要马士英他们把城内百姓也动员起来，那就有数十万守城大军了。
被弘光伪帝派遣去九江同清军使者谈判的黄澍、左懋第、马绍愉和陈洪范等人已经到了九江，双方谈判进展顺利，左良玉也答应了清军使者陈名夏提出的要求：左家军东进勤王，当然勤的是朱由崧这个王。
陈名夏道：“左将军，李老二军队虽然精锐，但是兵少。南京城池坚固，李老二这点人根本就不可能攻克南京！只要他的军队陷在南京城下进退不得，你的八十万大军即可一举歼灭这个逆贼！”8)