此时欧洲大陆已经陷入三十年战争，西班牙的日子并不好过，先是海上的无敌舰队被英格兰人打败，导致美洲的利益损失大半；而后尼德兰在明、英的支持下独立，自己在欧洲的地位严重削弱。如今克伦威尔重提当年的吕宋惨案，西班牙使者阿拉贡内心非常气愤，小心翼翼的说道：
“大明皇帝陛下，今天是您大喜的日子，本使带来了西班牙最真诚的祝福和丰厚的礼物，希望两国能尽释前嫌，共同在贸易中获利。本使听说您的一位爱妃乃是波斯公主，当年就是被谢利兄弟贩卖到了阿拉伯一带，几经波折最后才来到大明王朝，可见好事多磨，有情人终成眷属。”
谢利兄弟曾经是波斯的军事顾问，深得阿巴斯大帝的信任，不料他们却做出如此禽兽不如的事情，为此波斯已经明令禁止英格兰人在境内活动。阿拉贡提及此事，一是反击克伦威尔，二是想离间明朝和英格兰的关系。
朱由校当然明白他的意思，心里暗骂两国都不是什么好鸟，可吕宋惨案对于明朝来说影响更大一些。所谓前事不忘后事之师，嘉靖年间西班牙东印度公司的雷加斯比来到菲律宾进行殖民掠夺，并在马尼拉修建城堡。
当他发现明朝北有鞑靼和土蛮，西南有土司叛乱，东南倭寇横行，加上内地灾情不断，就写信给西班牙国王菲利普二世发兵入侵明朝，后因西班牙陷入王室继承危机才不了了之。明朝虽然免于一场外患，但是万历三十年阎应龙、张嶷等人在吕宋开采金矿，引起了西班牙殖民者的恐惧和觊觎，次年大规模屠杀当地的华人，受害者多达二万五千人。
朱由校从宫廷档案中调出了该案的卷宗，发现神宗皇帝只是斩杀了张嶷，对西班牙人却没有任何惩罚，悲愤之余他派遣熊文灿、颜思齐率水师围住马尼拉，用重炮射杀城内的西班牙人和倭人，将吕宋岛纳入明朝领地。事后腓力四世为了避免与明朝为敌，委派阿拉贡为驻华大使和东印度公司总督，将当年参与吕宋屠杀的几名头领交予大理寺，希望两国能够修好通商。
如今明朝与波斯、日本进行政治联姻，腓力四世明白这将影响以后亚洲的局势，本想借着这个机会再次向明朝示好，尽量维护他们在东方的贸易利益。阿拉贡不辱使命，前期做了大量的铺垫，没想到半路杀出了克伦威尔，差点让他搅了局，继续申辩道：
“那次不愉快的事件完全是东印度公司的个人行为，我们的国王腓力大帝为此深表惋惜。为了挽回两国的邦交关系和贸易往来，不但主动将几名要犯交给贵国惩处，并且拿出二十万两白银作为赔偿。如今有人不明就里，便想挑拨两位明君的关系，其险恶用意不可不察。”
对于阿拉贡的谦逊，朱由校还是比较满意的。婚礼过后他并没有沉溺在温柔乡，而是与内阁商讨在天津划设外国使馆区，谋求与更多的国家建立外交关系，互派使团增进明朝对世界的了解。
经济方面，在上海浦东自贸区的基础上，增加天津海河、青岛四方、广州珠江三个特区，允许外商在这四个城市内定居。同时进一步完善郊区的配套服务，拓宽驰道，增设驿站，使之成为明朝的经济中心。
对于明朝的宽松政策，以及开出的优厚条件，不但各国商人趋之若鹜，还吸引了诸多学者、传教士。他们的著作涉及天文、地理、百工、化学、医学、经济学、应用科技、史学、文学、艺术等方面，可以说囊括了欧洲文艺复兴的主要成就。在新知识的冲击下，朝廷开始探索新的教育模式，不再以经史子集为选拨人才的唯一标准，开始重视应用学科，如材料、机械、工程、制造、冶炼等，培养近代工业的专业化人才。
这场由朝廷为主导，欧洲学者推波助澜，士大夫阶层广泛参与的文化交流，史称东学西渐。其目的是要开启民智，放眼看世界，同时抑制儒术，打破三纲五常对汉人的思想束缚。
当然，这种变革肯定会遭到激烈的反抗，孙承宗、熊廷弼、黄克缵、范景文、韩熀、杨涟等一干精英倒吐几口老血，拼死劝谏朱由校要三思而后行。他们认为从汉武帝罢黜百家后，经史子集一直是历代王朝的正统学说，而西洋百科不过是三教九流的怪论，不能登大雅之堂。
这些老臣都是十年寒窗的饱学之士，几十年的官场历练已是经纬之才，他们受惠于圣人的学说，因为也坚定的支持儒家的正统地位。他们原本以为小皇帝是位传统的殉道者，南征北战不过是为了维护大一统的王朝地位。可是他们低估了这位略显稚嫩的少年天子，更没有发觉他早就开始为这场西学东渐运动进行大量的铺垫工作。
当初朱夔元平息奢安、水西之乱，戚兴国在龙场宣读圣旨，命贵州巡抚王三善为王阳明修建祠堂。伺候王门心学的弟子们得到朝廷的重用，南居益、来宗道、袁崇焕、卢象升、左光斗等人成为炙手可热的人物。
在这场思想的碰撞当中，浙江参政朱宗元表现的最为激烈。他公开上奏折讥讽那些四体不勤五谷不分的保守派，建议朝廷修改开科取士的标准，扩大选拔人才的范围，导致新旧两派的争论已经不可调和。
朱宗元认为西方的天文学、物理学、数学、律历都是穷源探委的应用学科，钟表、望远镜、起重机、乐器莫不精工绝伦，荷戈之士配上火枪巨炮皆是万人敌。在科技的推动下，欧洲弹丸之国的商船遍贾世界，积累了大量的原始资本，其富庶程度丝毫不逊色于中原地区。
虽然朱宗元过分的夸大了欧洲的实力，但假以时日明朝被欧洲超越并不是痴人说梦，而且这种端倪在征服日本的过程中已经有所体现。当初约瑟夫临阵倒戈，仅用九艘战船就封锁了江户外海，炮击德川家光的守军，协助明军顺利的登陆。事后南居益和洪承畴均对此进行反思，认为英格兰不过是方寸之地，其战力却不在大明皇家海军之下。他们的航海天赋出类拔萃，应当主动向其学习造船和铸炮技术，师夷长技以自强。
这场争论由于双方势均力敌，谁也没能占据上风，最后只能求助小皇帝主持公道。这些年朱由校跟着方从哲、叶向高学习，早就成为一名和稀泥的高手，他假装很不情愿的将八股取士改为申论和行政能力测试，但强调考试必须以儒家经典为主，欧洲学科为辅，综合考察学生的能力。另外恢复汉朝时期的察举制，由皇帝根据具体情况破格选拨人才，借此打破士大夫阶层对官僚集团的垄断，让寒门子弟能够有机会施展才华。
这种文理并行的选才制度确立以后，大明王朝迅速补充了许多工科人才，瞿汝夔、李之藻、杨廷筠这些开明士绅逐渐进入大明权力的中心，在他们的带领下，明朝的知识份子开始重视对物质世界的探索，已经走在了西方的前列。