毛文龙案之所以会反复还在于一个很有问题的观点，那就是认为袁崇焕斩帅造成了东江的无主状态，之后相继发生内乱，最后孔有德、耿仲明、尚可喜陆续降清，为侵明效力；而且毛文龙能牵制后金不能西向，斩帅使后金从此得以毫无顾忌地长驱深入，己巳之变便是明证。
建立在这两个论据的基础上，自然会得出袁崇焕斩帅不利于辽东战局的结论。
这两个责难是江浙文人理直气壮袒护毛文龙的依据，同时也是后人质疑斩帅的立足点。
直至今仍有不少人称袁崇焕斩帅“不仅大大削弱了抗敌力量，而且对辽东战局乃至对他本人都产生了极为不利的影响”，主要表现在“文龙死后，皮岛无主，各支队伍互相攻杀，己不能对后金起牵制作用”，“东江内乱，后金彻底解除了后顾之忧，便集中精力对付宁锦一线”。
这种观点是值得商榷的。
前文提到，斩帅之后，袁崇焕重用刘兴祚兄弟，让其掌管东江军镇的大权，镇中精锐皆由其掌握。
当时军镇中有两种势力，一种是毛文龙旧部，一种是刘兴祚兄弟，他们之间既有合作也有矛盾，袁崇焕一方面两种势力参用，另一方面又借刘氏兄弟压制毛文龙旧部。
斩帅后，袁崇焕没有在镇中设帅，名义上以毛文龙旧部副总兵陈继盛署总兵事，但是事实上握有镇中大权的是刘兴祚。
所以，所谓毛文龙死后东江无主的说法是不成立的。
东江内乱的导火索是刘兴祚的战死。
崇祯三年正月，率兵入援的刘兴作战死于永平，而其弟刘兴贤被后金俘虏。
皇太极借机让刘兴贤修书招降居守皮岛的刘兴治、刘兴基、刘兴沛等族兄弟。
四月，署岛事副总兵陈继盛密报孙承宗说，“兴祚未死从贼，兴贤自奴中有书招兴治等，且兴治所领皆夷丁，大有可虑”。
当时刘兴祚光荣殉国未得恤典，而道路流传明廷将借调兵之名杀刘氏兄弟，这让刘兴治等人极为愤恨。
当孙承宗调兵檄文至，刘兴治等信以为真，遂设计捕杀陈继盛及孙承宗所派调兵官员，控制了岛上的精甲利兵，拘禁官商船只，并航海至长山岛纵兵杀掠。
消息传至明廷，“举朝大骇”。
以此来看，刘兴治兵变的原因有：“东江镇权力之争的结果”、“明朝某些官对刘兴治归明表示怀疑，不信任所致”、“皇太极对东江镇将领的招降在刘兴治兵变时也的确起过作用”；己巳之变的发生，袁崇焕的下狱，岛中辽人“对明朝复辽的失望情绪”，也不无影响。
其实，刘兴治兵变主要是三个原因：
其一，刘氏兄弟与毛文龙旧部的矛盾发展，所谓刘兴治与陈继盛“不相能”；
其二，袁崇焕的下狱、刘兴祚的战死使东江镇无主，失去了制衡争斗的权力中心，刘氏兄弟与毛文龙旧部的矛盾逐渐激化；
其三，后金招降刘氏兄弟，陈继盛密告，导致兵变的结果。
刘兴治设计发动兵变依赖的是岛中归降后金平民组建的军队，即平夷营的夷丁，共有千余名，虽有较强的战斗力，但是与岛中汉兵存在矛盾，据毛文龙塘报崇祯二年二月就曾发生作乱之事。
这部分军队是崇祯初毛文龙所收编，聚集在皮岛上，后刘兴祚投岛，毛文龙遂令刘兴祚统领，斩帅后由刘兴治继承。
早在崇祯初，陈继盛就鉴于夷丁聚集必有后患，“力劝分置诸岛”，但是毛文龙“不听”。
所以当时就有人认为，刘兴治兵变毛文龙有责任。
据《朝鲜李朝仁祖实录》卷22仁祖八年四月乙亥载，陈继盛部下夏云蒸当时出陆办事，闻岛中兵变，哭泣着对朝鲜平安监司金时让说“降鞑，非我族类，而文龙不即翦除，致有此变，其罪可言？”
毛文龙的措置诚然是为兵变留下了隐患，但是袁崇焕的善后不周也负有一定责任。
朝议派副总兵周文郁前往皮岛抚谕刘兴治。
刘兴治一面听抚，上疏揭认罪，表示愿意杀敌自赎，另一面却策谋叛归皇太极，以为后路。
明廷派毛文龙旧部黄龙为总兵官，前来掌管皮岛。
崇祯四年三月，刘兴治遂起兵反叛，乱杖其弟刘兴基并杀参将沈世魁家众，“岛众不从，纵降鞑屠杀。招入南商五十余人，没数妝杀，夺其货物”。
游击张焘、沈世魁等合谋，乘夜突入衙门，纵火鼓噪，“汉人杀降鞑及其妻子儿童，口有孑遗，兴治兄弟及腹心之人，尽数斩杀，降鞑之死，不计其数”。
经由刘兴治之变，岛中兵将被“屠杀一番”，势力更加衰弱，所谓“东江自毛文龙被杀，兵力弱，势孤”。（《明史》卷277）
袁崇焕斩杀毛文龙虽是为国除患，但是不可避免地造成了毛文龙旧部的离心，所谓“岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其后至有叛去者”。
这其实是为后来的孔耿尚之叛种下了隐忧。
孔有德，辽东宁卫人，为追随毛文龙骑兵的广宁从征加家丁之一。“骑勇善斗，临阵先登，为诸将冠”，深为毛文龙喜爱，收为养孙，改名毛永诗，累官至参将。
李九成，辽阳卫人，晓勇善战，毛文龙养为孙，改名毛有功。
耿仲明，辽阳卫人，骑勇善战，奸猾多智，毛文龙养为孙，改名毛有杰，历官至参将。
尚可喜，辽东人，勇而善谋，毛文龙养为孙，改名毛永喜，历官至游击。
毛文龙对这些养子养孙“待之甚优”，诸将“亦乐为文龙用”。
主帅一死，“他将代者于有德等亦仅以老兵置之，有德等既失所依，皆落魄无聊，又心怜文龙无罪，横受屠酷，恒怏怏，每思投隙而起，未得其会也”。
如何妥善处理这些携心的骄兵悍将是斩帅后一棘手的难题。
袁崇焕一开始调孔、耿等人入宁远，面谕安抚，不幸不久即有己巳之变发生，袁崇焕率兵入援京师，而孔、耿等人遂逗留宁远。
袁崇焕下狱后，督师的孙承宗莅关阅将，孔、耿等人往见，孙承宗知道这些人“大猾”，“密令”孙元化好心防范，即孙元化本人也说“此数猾不可复东”
己巳之变中，鉴于岛兵缓不及事，兵部尚书梁廷栋建议尽调岛兵于宁锦助守，孙承宗认为应酌调部分兵员，不必尽徙。
刘兴治兵变平定之后，登莱巡抚孙元化清汰东江兵六千余人，并调其中精锐数千人前往登州驻防。
孙元化素来主张“辽人可用”，出抚登莱后，遂带着孔有德、耿仲明、李九成、毛承禄等毛文龙旧部相继入登州，并授以官职，统以军队，“乃用承禄为副将，有德、仲明为游击，九成亦为偏禆，且多收辽人为卒”。
登州因海外通商之故，商旅往来，富甲一方，当地辽人聚集，“恃其强，且倚帅力，与土人颇不相安，识者久忧之”。
毛文龙帐下的这些骄兵悍将长年在主帅的娇惯下，贪婪悖逆成性，“数狂悍贪樊，不知法度，视登为金穴，欲得而甘心焉”，又在登统有军队，已经有兵变的隐忧。
崇祯四年秋大凌河城被围，明廷撒孙元化调发登莱援兵泛海进兵耀州盐场堡，以为牵制。
统率援兵千人的游击孔有德诡言海上有飓风栏阻，逗留不前，乃命从陆上赶赴宁远。
十月二十七日，师次吴桥县，当地人“以官兵屡过驿骚，闭户拒之”，援兵无所食心皆怨，“适部卒攫鸡，与王生员相争，有德次其卒，众遂哗然”，欲回登请粮。
李九成受命买马，“所赍马价荡尽不敢归”，回至吴桥，与其子千总李应元密谋叛变。
二十八日晨，李九成父子绑缚孔有德，“首倡反谋，有德从之”。
叛兵大肆掳掠，不久，连陷陵县、商河、新城等十余城。
登莱巡抚孙元化“为间所愚，力主抚，将士皆愤，兵出被抑而还者数四”。
遣人宣谕归命，叛军佯应，因移文余大成“抚局己就，我兵不得往东一步，以致坏事”，余大成如其言，官军至黄山馆而返，孔有德却直抵登州城下攻城。
先是耿仲明兄耿仲裕因为泛海入后金从事走私贸易，为东江总兵官黄龙所杀，耿仲明怨恨不平，遂与都司陈光福等内应开东门，而先前被孙元化放入的张焘部诈降兵士也乘机里应外合，城池遂陷，总兵官张可大等人俱罹难，城中辽人也随同反叛，杀戮登州居民。
登州一陷落，大量的西洋大炮、火器甲仗、金钱米粮落入叛军之手，祸乱遂至一发而不可收拾。
孔有德、耿仲明等人发檄引诱东江兵同叛，旅顺营守备陈有时诱杀岛将，率众七八千渡海同叛，广鹿岛副将毛承禄也率众入登反叛，因而“贼势亦张”。
崇祯五年二月，叛军又进攻莱州，新任登莱巡抚谢琏、山东巡抚徐从治固守城中，叛军接连猛攻，徐从治被炮而死。
狡猾的孔有德以愿意受抚迷惑城中明军，谢琏出城招安被俘。
明廷见招抚不成，急令精锐的辽兵和川兵向叛军进攻。
叛军不久撤回登州城，莱州之围方解。
九月，明军包围叛军围于登州城中，奋力攻打，双方死伤惨重，叛将李九成被击毙。
孔有德见势率叛军突围，登船北逃。
总兵官黄龙在旅顺一带阻击叛军，大败叛军，擒获毛承禄、苏有功、陈光福等人，斩杀李应元，孔、耿二叛将率余部逃至盖州，于崇祯六年四月归降后金。
十二月，与孔、耿相善的东江石城都司尚可喜也掠夺长山、广鹿诸岛，绑缚都司孙奠、李承恩等归降后金。
孔有德、耿仲明、尚可喜的兵变，一方面严重削弱了登莱的防御力量，另一方面他们的叛降后金，带走了大量的战船和火炮，很大地壮大了后金的力量，同时又为后金摧灭东江镇、西向进攻关宁乃至入关征战天下，立下了汗马功劳。
他们的叛降和袁崇焕斩杀毛文龙有一定关系，但是事变的主要责任不应该由袁崇焕承担。
东江兵将的移徙登莱留下隐患，明廷专抚政策的失机导致事变不可收拾，才是最主要的原因。
这些问题都出现在袁崇焕下狱以后，如何能苟求袁崇焕承担主要责任呢？
正如孟森所说：“然此皆崇焕死后岛兵变化之事实，若使崇焕久任以处其责，何至视刘兴祚兄弟与陈继盛相屠杀，而卒令耿仲明、孔有德、尚可喜辈遂为清廷佐命哉”，又说“崇焕斩文龙，编制其兵，核实其饷，东江正可有为，乃身既被戮，毛兵亦无所依赖，自相屠杀，相率降清。论者又以此为崇焕之罪，不以为杀崇焕者之罪，至今尚纠纷不已，是用揭之”。
再谈己巳之变发生是否由于袁崇焕斩帅、牵制后金力量削弱所致。
前面已经证明了毛文龙对后金的袭扰并不能给后金带来实质性的军事威胁，也从来没有起过理想的牵制作用。
己巳之变中，毛文龙党羽纷纷煽惑，袁崇焕斩帅践约翦忌，若毛文龙不死后金不敢长驱深入，朝野上下多为其所惑，深以为然。
东江军镇就战略地位来说可成牵制，毛文龙也以牵制后金西向为己任，他屡屡发塘冒功，天启年间先后四次声称出兵遏制后金西进之谋，而当时后金忙于建造辽东根据地并未西向，明廷君臣便以为是毛文龙牵制之功。
这就构成了一个经典条件反射。
后金忙于建造根据地无暇西向是无条件刺激，天启二年至天启五年后金没有西向进攻宁远战场是无条件反应，而毛文龙的浮夸牵制之功则是条件刺激，在这种反应作用下，毛文龙的牵制之名就形成了，因而毛文龙能牵制后金的观念也为很多人深信。
结果，只要后金不西攻，人们就认为是毛文龙牵制得力；只要后金退兵，人们就认为是毛文龙掣后成牵，因而不敢久留。
宁远、宁锦两次大战破坏了这个经典条件反射，因而战后质疑毛文龙牵制有名无实的声音不断，移镇的议论也随之而起。
而毛文龙的被杀和后金入口时间仅差三个月，这种时间上的接近构成了强化相倚，人们自然地将毛文龙的被杀和后金的入口联系起来，使得头脑中根深蒂固的毛文龙能牵制后金的先入成见发生信念固着现象，导致毛文龙的死与牵制力量的削弱也就建立了因果联系。
事实上，当时有一些人就看出毛文龙的死根本无关己巳之变的成败。
如杨士聪《玉堂荟记》称“毛文龙之死，何所关于成败之数，自袁败，而议者执以为辞”。
程本直《漩声记》称后金入口与毛文龙被杀相距不久是“时之遇也，数合也。而谓毛文龙之故也，非也。敌固曾攻宁远于丙寅也；敌固曾围锦州于丁卯也。藉非崇焕死战死守，敌不逮己巳而始纵横于神京之下也。而文龙当固居然岛上帅也，未闻其提一旅、渡一骑以牵制之使之不来也。乌在今必其能牵制之而使不来也？”
余大成《剖肝录》称“夫文龙有应得之罪，明旨业已言之，是焕杀文龙未尝不是。使焕当日能斩文龙，又能使蓟门无警，岂尚有题目也哉？惟其不然，以至今日”。
后金还未撤出口外，崇祯三年四月户部尚书毕自严就说，“东江一旅，借名牵制，岁糜公帑几不可问……今敌近堂奥，而东江缓不及事”。
即使到了袁崇焕死后的崇祯四年，有些人仍然说毛文龙根本不能牵制，重提移镇撤岛之议。
如崇祯四年闰十一月，礼部尚书黄汝良陈“至于皮岛，则陆绝海外，风波限隔。自毛文龙开镇以来，十余年间，曾得半矢之用否”。
新任辽东巡抚丘未嘉称“自增镇东江，费己无限，虽有存属国、接难民之小利，然泥沙我膏血，草菅我性命，得失孰多，是宜全师归……何又散处各岛，不得其用乎”。
己巳之变的发生和毛文龙的死毫无关系，而是明金议和破裂和碦喇沁部降金所致的说法。
当时皇太极迫切地要与明朝议和，通贡互市，而袁崇焕为了争取备战的时间也愿意与后金议和，以为缓兵之计。
从崇祯二年正月开始，双方使臣来往不断，但是和谈都没有实质性的进展，这主要是因为双方在辽东土地、人民问题上的分歧。
皇太极的立场是明朝必须承认后金政权，如朝鲜之例封予王位，双方维持现状，分地治之，明朝统治关内，后金统治辽东，辽西则为双方的缓冲地带。
然而袁崇焕的立场是后金必须归还东的土地和人民，否则便是没有诚意，如他所说“臣亦不讳言款，即惠徼宗社之灵，还侵地，归叛人，而我存朝鲜，何禅不为”。
不过，为了争取时间整顿军备，袁崇焕对议和抱着开放和积极的态度，他希望明廷能和他一道促成议和，但是明廷君臣对于议和讳之莫深，辅臣钱龙锡不敢做主，兵部尚书王洽坚决反对，宁前道孙元化也不赞同，朝廷言官更以谋款弹劾袁崇焕，在强大的舆论压力下，袁崇焕以和佐战的策略未能贯彻落实，相反几番的敷衍拖沓却让皇太极急和之心按耐不住。
崇祯二年二月一日，高鸿中在奏本中称，如果明朝不同意后金的要求，仍然“要人要地”，那么就是“无讲和意”，“此和不必说”，“我无别策，直抵京城，相其情形，或攻或困，再做方略”。
当皇太极收到袁崇焕要求归还辽东土地、人民的回信，又得知明廷内部反对议和的声音很强大，他就对议和不抱希望，决意对明发动报复性的战争。
崇祯二年六月，皇太极下谕诸贝勒大臣：“从前遣白喇嘛向明议和，明之君臣，若听朕言，克成和好，共享太平，则我国满汉蒙古人等，当釆参开矿，与之交易。若彼不愿太平，而乐于用兵，不与我国议和，以通交易，则我国所少者不过锻帛等物耳。我国果竭力耕织，以裕衣食之源，即不得锻帛等物，亦何伤哉。我屡欲和而彼不从，我岂可坐待，定当整旅西征。师行时，勿似先日以我兵独往，当令蒙古科尔沁、柯尔克、扎鲁特、敖汉、柰曼诸国合师并举”。
七月十六他致书大明国诸臣，对明朝大加斥责，威胁发动战争来报复，这其实就是发出了“己巳之变”的战争宣言。
己巳之役，后金兵之所以能绕过重兵驻守的宁锦防线取道蒙古入犯蓟边，很重要的原因是碦喇沁蒙古的降金并充当后金向导。
启祯之交，漠南蒙古形势发生了巨大变化。
首先是察哈尔林丹汗下属敖汉部、奈曼部因与大汗结怨，又怕后金来攻，遂归降后金，以此引起了山南察哈尔其他部落的纷纷不安，要么选择远避，要么选择投降后金。
敖汉部、奈曼部离开宁远、锦州边外的住牧地，东投后金，使得宁、锦防线北边的屏障渐稀，其侧翼的防护作用受到削弱。正如王之臣所说，“西虎自都令等东投奴贼，北边行六七日，閬无一夷，则我之肩背皆受敌之地也”。
其次，更严重的是察哈尔本部林丹汗西迁，与右翼蒙古各部争战，这给当时辽东的军事形势造成了严重的后果。
碦客沁部向明朝寻求援兵，但是明朝却未能伸出援手，为了抵抗强大的林丹汗，他们只能向后金求助。
崇祯初年二月、五月，皇太极两次派兵出征阻扰后金与碦喇沁部联合的岭南阿拉克特部，打通了与碦喇沁部的联系。
八月，又与碦喇沁部正式定盟。
在盟约中明确规定，碦喇沁部在明金战争中必须属于后金阵营，并联盟对抗林丹汗。
九月，以后金为主盟，科尔泌、碦喇沁、敖汉、奈曼及柯尔克等部为盟友的对林丹汗作战联军第一次会盟出征，虽未能取得预期战果，却也加强了盟友间的联系。
漠南蒙古的这种形势变化使后金受益匪浅，而对明朝特别不利。
原本广宁失陷后，辽河以西，柯尔克五部住牧于辽河河套，察哈尔八部住牧于柯尔克部以西，广宁、义州、锦州诸堡塞外、大兴安岭南北，其中部属敖汉部直义州西北边五百里而牧，奈曼部直戚家路大定、大茂等堡四百里而牧，阿喇克掉特部直广宁西北离边七百里而牧，多罗特部值锦州西北边五百里而牧，作为宁锦侧翼的藩蔽，受明朝抚赏。
然而自敖汉部、奈曼部东投后金，对明恭顺的岭南阿拉克掉特部及多罗特部被后金翦灭，辽西势力最强的外援林丹汗又率岭北察哈尔部举国西迁，宁锦防线的侧翼完全虚空，河西形成明朝独立对抗后金与左翼蒙古联盟的不利局面。
而察哈尔西迁与右翼蒙古的争战，使得碦喇沁部、土默特部等纷纷倒向后金，寻求支援，以后金为盟主，漠南蒙古诸部为从属的联盟逐渐形成。
后金与碦喇沁部的联盟使取道蒙古的战略计划具有了可能性，而碦喇沁本部台吉布尔葛图又因为熟悉贡道，充当后金进兵的向导，这使皇太极的绕道征明进行得相当顺利。
除此之外，真假参半的《东江疏揭塘报节抄》被广泛利用，并被有些人无条件地据以立论，结果必然出现盲目吹捧毛文龙，极力将毛文龙塑造成抗金英雄的倾向。