事与愿违的是，等朱由榔带兵探到北江西岸的那个秘密码头时，清军两万余战、辅兵已全部渡过北江，到达了东岸，半渡而击的计划宣告破产，清军到了东岸后，把靠岸的几十艘江船都凿毁凿沉了，没有了船只渡江，南岸的明军只能眼睁睁看着东岸清军行军时溅起的烟尘越来越远，最后渐渐消散。
清远保卫战持续了近两月，清军终因粮饷不济撤退，返回广州大本营，只是最后保卫战虽然胜了，明军特别是天子的侍卫亲军却损失惨重，夜袭之战中，因为不小心陷入清军统帅李成栋的圈套，一下子折损了近三千步骑，其中大多是焦琏旧部，总体战力高于侍卫亲军的平均水平，朱由榔千辛万苦，好不容易培养出来的一点有些战斗力的嫡系部队一下子去了近三分之一，足可谓损失惨重了，虽然清军在此次会战中损失更大，不仅损失了几千陆师步骑不说，五千主力水师除了最后突围逃出的几百人马，几十艘战船，几乎全军覆没。
战后，除了留下一些必要的人手负责清远城的善后事宜，朱由榔带着三忠的数千义军残师和几千侍卫水陆大军乘船沿北江往南返回了肇庆，同时下达令旨，将行在中枢重新定在临都肇庆，梧州内阁文臣全数迁入临都办公，桂王府行宫内的宫眷也都迎入了肇庆。
经过这次会战，广东以三水城为分界线，被明军和清军一分为二，在清远解围前后的一个月内，朱由榔曾在肇庆分出部分兵马，马不停蹄，先后收复了兵力空虚的肇庆府、罗定州、高州府、雷州府和琼州府等州府，将这些地方的清军势力一扫而尽，然而清军残余的势力依然牢牢占据着潮州、惠州、广州、南雄、韶州等州府，势力不容小觑。
通过这次亲征，朱由榔发现侍卫亲军还存在着不少缺点，首先是不能灵活运用军阵战术，骑射击刺的技术比不上清军，持久作战的体力比不上清军，战胜则嚣然杂上，战败则纷然四散，作战纪律和作战意志还稍欠火候，实战经验现在是有了，下面必须要制定合理的训练章程，继续加强训练，军队不仅要练力，练艺，还得练胆，练志。
纪律之维系，仅靠严刑峻法，立威立信远远不够，还应蓄养士气，培养荣誉感，其功用犹在立威立信之上，将帅以人才为根本，人才所凭持，在于积蓄磅礴之朝气。所最忌者，在于染暮气，至气之根本，则依持一定的坚强意志，有坚苦贞定之志节，长可支持或恢复朝气，因是锐气或受重挫，仍不至于一败涂地，蓄志节，培养荣誉感尤为重要，做得好可获得永久之持续力量。
在麾下将臣研究具体章程的时候，朱由榔也开始着手对三忠的义军进行改编，清远保卫战过后，三忠麾下还剩八千余义勇，当初他们为了对抗鞑子入侵，都是自愿入伍的义民，义勇中不乏充满着报国热情的书生士子，甚至还有商贾乡绅子弟，这些年轻小伙子各个都是热血好男儿，当兵的好苗子，在经历过一连串的血战淘汰后，剩下的都成熟稳重了不少，一举一动隐隐有杀伐之气，目前唯一欠缺的就是战阵经验，只要训练得法，粮饷充足，一年后绝对能成为一支精兵。
八千余义勇淘汰老弱后，还剩五千三百余精壮，朱由榔将这些精壮分散打入侍卫亲军马步军中，由老带新，重组训练。侍卫亲军原本有战、辅兵一万余，几次争战，特别是夜袭之战后，损失惨重，还剩战、辅兵六千七百余人，再补入五千三百余精壮后，立时变成一万二千余人，再加上原先留守梧州的千余侍卫亲军，侍卫亲军马步军总数突破了一万三，朱由榔将其依制扩成了四个兵团，但确没有顺势新增一镇。倒不是他不想招兵扩军，实在是中枢财力有限。
这也是没办法的事儿，连月征战，后方粮饷消耗巨大，原来丁魁楚留下的八十余万两赃款，都用在战事上了，户部早就叫苦连天了，亲征大军的军备，军饷，军粮，试看这些开支，哪一项可以节省？哪一项可以从缓？而且每一项开销都是大头，征战中的军队更是个无底洞，现在户部府库存银存粮所剩无几，广东各州府刚光复，还在接管熟悉中，赋税收入还没收上来，中枢如果不能及时开辟财源，想办法弄到足够的钱粮，到时候别说扩军了，能不能保住现有的军队数量都难说。朝廷没有足够的银钱收入，势必陷入瘫痪，战争缺少物质基础，同样也会造成失败，这是谁也改变不了的铁律。