金陵书院坐落于南京城内长安街，原本是新泉书院旧址，与城内众多的书院不同，这是由官府兴建的书院，有明一朝朝廷十分重视官学，书院得到振兴，但自成化年间以来，科举腐败，官学教育也日渐衰落，于是士大夫纷纷自行筹资兴复或创建书院，倡导讲学之风，以救时弊。
嘉靖年间以来，南京讲学之风盛行，书院逐渐恢复兴盛，自户部尚书耿定向任南京督学御史时兴建崇正书院，选拔南京下辖的十四府优秀诸生前来学习，耿定向更是亲自讲学，在大明历史上留下盛名的李贽、汤显祖、张岱、袁枚等人皆在此求学。
继崇正书院之后，崇文书院、华阳书院、新泉书院、文昌书院、新江书院、白马书院、江干书院等相继建立，这些由士大夫兴建的书院有别于官学，往往凭借创办人的声望来吸引学子，一旦创办人去世或因罪被贬，书院也往往随之衰落。
位于长安街的新泉书院就是如此，这座书院由嘉靖年间礼部侍郎湛若水建立，湛若水为明代理学大家，他创立的理学“广派”与理学的另一大儒王阳明创建的“浙学”并称为“王湛之学”，分执明代中叶理学的牛耳，名声最盛时学生达四千余人。然湛若水去世之后，主持书院的弟子并无湛若水的声望，书院也逐渐衰落，直至万历初年被废弃。
此后南京礼部在新泉书院旧址上创办了官学金陵书院，但就名气而言始终比不上那些由士大夫们创办的书院。
到了崇祯年间，随着复社的兴起，南京更是成为了天下学子仰慕的地方，无数学子从四面八方赶来就学，这也更加促进了南京各大书院的发展，各书院更是求一名额而不得。比起就读其他书院，进入金陵书院就简单的多，只要资质够，交纳学费之后就可以入读了。
庄则敬的幼子庄文彦三年前就来到南京进入金陵书院就读，庄文彦自小聪明好学，父亲庄则敬在三个儿子中最看好他，因此当庄文彦在五年前提出要到南京读书时十分赞成，但后来得知庄文彦是因仰慕复社才想要去南京，庄则敬为此大发雷霆，当年庄则敬任知府时与上司不合，愤而辞官，而他的上司恰好是东林党成员。
庄则敬对东林党深恶痛绝，不仅仅是因为与上司不合，更是出于对东林理念的反感，导致他连与东林一脉相传的复社也一同恨上。
庄文彦为此与父亲几次争吵无果，最终父子达成妥协，庄文彦可以到南京读书，但不得加入与复社联系紧密的书院，无奈之下只能选择这座官办的金陵书院。
崇祯七年庄文彦抵达南京，进入金陵书院读书，南京文化的昌盛与士子的风流深深吸引了年幼的庄文彦。出于对复社的仰慕，庄文彦很快忘记了跟父亲的承诺，开始结交起复社学子。凭借着家中的财力与自身的聪明好学，庄文彦很快就在复社中崭露头角，并结识了金陵四公子中的冒襄、方以智、陈贞慧，其中与方以智最是投缘。
来到金陵的头两年，庄文彦与江南的年轻士子并无不同，沉醉于江南的繁华与纸醉金迷，日日与同伴流连于秦淮河畔，饮酒作诗，复社组织的诗会更是每次都参加，凭着出众的诗词更是屡屡获得众人的追捧。
但是从一年前开始，庄文彦开始厌倦了这种生活，事情的起因还要从去年鞑子越过长城侵扰京畿说起，鞑子自六月入侵直到九月份在抢夺大量财物与人口之后退出关外。鞑子入侵的消息传到江南，很快就激起了年轻士子们的同仇敌忾，那段时日士子们聚集在一起讨论的全都是如何退敌，每个人都侃侃而谈，为朝廷出谋划策。由于复社自崇祯二年以来陆续有成员考中进士进入朝中，于是开始有人给同为复社的好友写信，托他们将士子们的建议呈给朝廷。
也是在这个时候庄文彦与方以智的接触多了起来，方以智是安庆府桐城县人，父亲乃是现任湖广巡抚方孔炤。方以智曾祖父方学渐曾赴东林讲学，是不折不扣的东林党人，方以智成年之后就载书泛游江淮、吴越间，并最终在南京落脚，加入复社，凭借着才学成为金陵四公子之一。
与其他的三人不同，方以智对西洋格物之学更感兴趣，在南京结识了传教士汤若望、毕方济，在他们的教导下学习拉丁语，遍览西洋著作。也是在去年当他听说鞑子入侵时曾携带红衣大炮，给朝廷造成极大威胁，让他开始重视起西洋武器的重要性，自此之后更是将重心放在了西洋格物学上。
他曾经在复社的集会上说过：“今天下脊脊多事，海内之人不可不识，四方之势不可不识，山川谣俗，纷乱变故，亦不可不详也。”
正是这一番论述吸引了为数不少的年轻士子开始重视起格物之学，庄文彦就是其中之一。与方以智接触多了，庄文彦开始研究大量西洋格物著作，尤其对西洋各种机械尤为感兴趣，认为机械不仅可以减少人力，有利于民生，枪炮利器更是在应对鞑子入侵时发挥重要作用。
在遍览了当时市面上所有的已经翻译过的西洋著作之后，庄文彦开始学习拉丁语，尝试从那些不被当时士人所重视的西洋著作中寻找对挽救时事有用的知识。
正当庄文彦孜孜不倦的研读西洋著作时，复社却发生了一件大事，正是这件事让庄文彦开始反思，并逐渐脱离复社。
事情还要从去年九月开始说起，鞑子抢掠够了退走之后，朝廷开始清算在鞑子入侵中失职的大臣，这也给了复社一个口诛笔伐的机会。
复社众多成员最初将矛头指向兵部尚书张凤翼，指责他在这次鞑子入侵的行动中唯一的作用就是坐看鞑子抢够之后将其礼送出境。但由于张凤翼托病在家，复社的攻击如同打在了一团棉花上，很快他们就调转枪头开始攻击内阁首辅温体仁。
说起来最令复社痛恨的无疑就是这位稳坐内阁首辅宝座长达四年之久的温体仁了，不仅仅是温体仁与东林领袖钱谦益之间的矛盾，更因为温体仁曾经指使陆文声人等上疏参劾复社领袖张甫、张采“倡导复社以乱天下”，朝廷为此下旨察治。
崇祯九年十月复社在南京集会，参加的士子多达上千人，许多人从山东、湖广、江西、浙江等地远道而来，复社骨干成员纷纷上台控诉温体仁“奸党误国”，要求他下台以谢天下。
庄文彦参加了最初的集会，看着站在台上的复社领袖，这些他往日仰慕的人物，口沫横飞的大加指责朝廷重臣，仿佛他们才是大明的主人。
然而这些人骂完之后纷纷转入大街小巷的秦楼楚馆，开始纵情声色，那段时日最高兴的无疑是各大妓馆的老鸨了。
正是这时候庄文彦对复社彻底失望了，他开始拒绝参加复社的集会，谢绝朋友的邀请，将全部心思放在了研读格物学上，开始每天与方以智一起探讨西洋学，也是在这段时间内他认识了传教士毕方济，并跟他学了一段时间的拉丁语。
后来毕方济受朱桓邀请前往荆州传教，庄文彦开始关注起毕方济在荆州的举动，并从二哥庄文彬那里听说了纪王朱桓的一些事迹，朱桓在荆州的举动开始引起了庄文彦的兴趣。